Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003435`

染色体: Chr04 坐标: 50908225-50911503 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003435`
名称	SmilChr04G003435
描述	ATP synthase subunit gamma, mitochondrial-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	50908225 - 50911503 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020329`
GeneID	`131020329`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020329`
原始查询	`LOC131020329`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ATP synthase subunit gamma, mitochondrial-like
产物	ATP synthase subunit gamma%2C mitochondrial-like
Arabidopsis	`AT2G33040` (ATP3) gamma subunit of Mt ATP synthase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817866] identity=79.2; qcov=0.859; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os10g0320400` - identity=75.1; qcov=0.867; evalue=1.23e-180; confidence=high
GO	GO:0015986 (proton motive force-driven ATP synthesis); GO:0045261 (GO:0045261); GO:0046933 (proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism)
KEGG	smil00190 (Oxidative phosphorylation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00231 (ATP-synt)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020329

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057805049.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057805049.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057805049.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057805049.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057805049.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:50908888`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B48,B60
`Chr4:50908927`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr4:50909932`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C80
`Chr4:50910069`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B15
`Chr4:50910208`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B84
`Chr4:50911304`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C70
`Chr4:50911442`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A23,A24,D7
`Chr4:50911463`	`ATC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	A7
`Chr4:50911463`	`ATC`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	1	A7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805049.1

375 aa

188

375

ATP-synt

PF00231 ATP-synt 97-373 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057805049.1`	Pfam	`PF00231`	ATP-synt	Domain	97	373	3.7e-75	254.0	ATP synthase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057949066.1
GACCTCGTATGAGTGGCAATGAAAGTATAAAAGCGCTTGATGCTGCATGTCAGCCTCTGCAGTCGGAATTTACATTTCATTTCATTCTTCATATCCGAGCGGTTGAAGAAATCCAACACAATCTCACATTTCGAAGAAGAATTCGAATCGGTATCACCTCAAAATTCACAATGGCTATGTCTGCATCGAGACGCGAAGGGAGGCGAATCGCCGCCTCCCTCTTCTCACCTCTCACCATTCGCCACTCTCTCGCTTCGTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131020329
ATGAGTGGCAATGAAAGTATAAAAGCGCTTGATGCTGCATGTCAGCCTCTGCAGTCGGAATTTACATTTCATTTCATTCTTCATATCCGAGCGGTTGAAGAAATCCAACACAATCTCACATTTCGAAGAAGAATTCGAATCGGTATCACCTCAAAATTCACAATGGCTATGTCTGCATCGAGACGCGAAGGGAGGCGAATCGCCGCCTCCCTCTTCTCACCTCTCACCATTCGCCACTCTCTCGCTTCGTCCGAGGAGTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057805049.1
MSGNESIKALDAACQPLQSEFTFHFILHIRAVEEIQHNLTFRRRIRIGITSKFTMAMSASRREGRRIAASLFSPLTIRHSLASSEEYALSGVRSISTQVVRNRMKSVKNIQKITKAMKMVAASKLRAIQSKAEKSRGLWQPFTALLGDLPSVDVKKNVIVTISSDKGLCGGINSTAVKISRGLHKLNFGPEKECKYVILGEKAKAQLLRDSRQDIELSMTELQKNPLNYTQVAMLADDILKNVEYDALRIVYSKFHSVVS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器