当前解析结果
SmilChr04G003441| 统一新 Gene ID | SmilChr04G003441 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G003441 |
| 描述 | SNAP25 homologous protein SNAP33 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 50935472 - 50938412 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131020335 |
|---|---|
| GeneID | 131020335 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131020335 |
| 原始查询 | LOC131020335 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | SNAP25 homologous protein SNAP33 |
| 产物 | SNAP25 homologous protein SNAP33 |
| Arabidopsis | AT5G61210 (SNAP33)soluble N-ethylmaleimide-sensitive factor adaptor protein 33 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836242] identity=64.3; qcov=1.02; evalue=5.79e-121; confidence=high |
| Rice | Os02g0529500- identity=61.3; qcov=0.821; evalue=7.16e-98; confidence=high |
| GO | GO:0005484 (SNAP receptor activity); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0031201 (SNARE complex) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF05739 (SNARE) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131020335 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057805056.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057805057.1 |
| 3 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.40000 | XP_057805057.1 |
| 4 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.20000 | XP_057805056.1 |
| 5 | Trans-golgi network | Trans-golgi network | 0.20000 | XP_057805056.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:50935707 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B101,C8 |
Chr4:50935825 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 60 | A18,A20,A24,A3,A5,B104,B106,B109,B117,B121,B123,B125,B126,B129,B13,B130,B138,B14,B15,B17,B19,B23,B37,B46,B48,B52,B55,B56,B57,B60,B63,B64,B65,B70,B74,B75,B80,B81,B83,B89,B90,B92,B96,C1,C18,C23,C25,C26,C28,C33,C49,C54,C55,C59,C64,C66,C71,C87,D1,D6 |
Chr4:50935932 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B10,B75,C73,C74,D11 |
Chr4:50936330 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A6,B76,C16,D5 |
Chr4:50936572 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B108 |
Chr4:50936587 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B134,B57,B88 |
Chr4:50936590 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A6,B76,C16,D5 |
Chr4:50936593 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B110,B118,B88,C58 |
Chr4:50936931 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A15,B107 |
Chr4:50936935 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B64,C40 |
Chr4:50937028 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B110,B118,B88,C58 |
Chr4:50937151 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A15,B107 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057805060.1PF05739
SNARE 214-272 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057805060.1 |
Pfam | PF05739 |
SNARE | Domain | 214 | 272 | 4.4e-08 | 33.6 | SNARE domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
4 records
下载 cDNA FASTA4 records
下载 CDS FASTA4 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。