Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003457`

染色体: Chr04 坐标: 51056587-51058174 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003457`
名称	SmilChr04G003457
描述	UDP-glycosyltransferase 83A1-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	51056587 - 51058174 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020350`
GeneID	`131020350`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020350`
原始查询	`LOC131020350`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	UDP-glycosyltransferase 83A1-like
产物	UDP-glycosyltransferase 83A1-like
Arabidopsis	`AT3G02100` (AT3G02100) UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820287] identity=33.1; qcov=1.01; evalue=1.3e-84; confidence=low
Rice	`Os03g0757200` - identity=35.7; qcov=0.981; evalue=2.86e-93; confidence=medium
GO	GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00201 (UDPGT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020350

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057805089.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057805089.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057805089.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057805089.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057805089.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:51056741`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B13,B130,B140,B43
`Chr4:51056767`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B108,B81,C79
`Chr4:51056777`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B110,B122,C23,C71,D4
`Chr4:51056823`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B110,B35,C71,D4
`Chr4:51056898`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B122,C32,C68
`Chr4:51056958`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B22,B41,C48,C55
`Chr4:51056968`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A25,B47
`Chr4:51057081`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	63	A14,A19,A21,A24,A5,A7,B100,B102,B106,B111,B112,B119,B12,B122,B123,B13,B139,B14,B15,B16,B18,B24,B29,B32,B33,B38,B40,B5,B50,B52,B56,B57,B62,B76,B8,B86,B9,C1,C12,C22,C25,C34,C37,C4,C44,C46,C49,C51,C54,C57,C6,C60,C63,C64,C66,C7,C70,C72,C73,C76,C83,C86,D1
`Chr4:51057101`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B131,B136
`Chr4:51057101`	`G`	`GA`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B131,B136
`Chr4:51057242`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C22
`Chr4:51057242`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C22

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805089.1

466 aa

233

466

UDPGT

PF00201 UDPGT 258-431 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057805089.1`	Pfam	`PF00201`	UDPGT	Family	258	431	1.4e-25	90.8	UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057949106.1
AGAGAAAGAAAAATGAATGAAAATATGGAAAGGCCAAAGGAAGTAGGGCACATTCTGGTGGTGTCCTCCCCTCTGCAAGGGCATGCAACACCCCTCTTCAAACTCTCACACAGAATGGCGAAACTGGGCATGAAGGTGACCTTCCTGACAATGGGTCTGCCAGAGGCAGAGGCAGGCGCTGACGCAGAAAGCGCGGAGTGGAATGAAGGGATGCGCATCATCTCACTTCACAGCGGCCTCCAAGTGGGAGGCGGCTGGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131020350
ATGAATGAAAATATGGAAAGGCCAAAGGAAGTAGGGCACATTCTGGTGGTGTCCTCCCCTCTGCAAGGGCATGCAACACCCCTCTTCAAACTCTCACACAGAATGGCGAAACTGGGCATGAAGGTGACCTTCCTGACAATGGGTCTGCCAGAGGCAGAGGCAGGCGCTGACGCAGAAAGCGCGGAGTGGAATGAAGGGATGCGCATCATCTCACTTCACAGCGGCCTCCAAGTGGGAGGCGGCTGGGAAGATCAGAAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057805089.1
MNENMERPKEVGHILVVSSPLQGHATPLFKLSHRMAKLGMKVTFLTMGLPEAEAGADAESAEWNEGMRIISLHSGLQVGGGWEDQKKLHGRIHTVIPSYMEELLTKKTQSISGVIVDSALAWMLAIPKKMGLKTAVFWCSNAGCLALGFKIPHLLQSKYIDQDGSPLKEERIKLLADMPEMRESDLMWYFPTDKEIQKSMFHAIKGIVHHMAQADWIIGNWFHRLDPDATTVTPNVLPLGPILASADAAASSAQTLRAED...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器