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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003460

染色体: Chr04 坐标: 51073958-51079592 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003460
名称SmilChr04G003460
描述uncharacterized SmilChr04G003460
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向51073958 - 51079592 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020354
GeneID131020354
locus_tag-
NCBI NameLOC131020354
原始查询LOC131020354

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830689]; symbol=AT5G07950; hit=AT5G07950; species=arabidopsis; confidence=high
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830689]; symbol=AT5G07950; hit=AT5G07950; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G07950 (AT5G07950)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830689]
identity=54.4; qcov=0.874; evalue=4.77e-93; confidence=high
RiceOs03g0213200
-
identity=47.1; qcov=0.88; evalue=1.14e-73; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020354

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057805091.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057805091.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057805091.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805091.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805091.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:51074972 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr4:51075054 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A25,B36
Chr4:51077985 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B9,C77
Chr4:51078245 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C20
Chr4:51079363 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B110,B118,B65,C58
Chr4:51079389 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 3 A15,B107,B117
Chr4:51079389 C CA 1bp_insertion CDS_variant 3 A15,B107,B117
Chr4:51079392 CTT C 2bp_deletion frameshift_variant 21 A1,A14,A16,B100,B120,B139,B21,B50,B54,B59,B7,B86,B87,B94,C18,C27,C36,C58,C60,C83,C86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XR_009100676.1
TGGAGTACTAGGTTTCTGATTTGTGAGTCACCACCGTTCGCGCTCTCTCTCTCTCCGCCCTCCTCCGTTTCACTCTCTCTCGGTCTCTCTCTGCAGCCGCCGTTCGCCGCCGCCCCTGCCTCCTCCGGTCGCCGGGGCCACGGCCTCACCGCCTTGGACATCTCTGCGATTTGCAAGCGCCAAGCAGGCAGCACAGCATCAGTGCGCCGCCCAGCCCTCGCCGGCTCGCCCCCGACCGTCTCCTTCGATTGACAGCTGCA...
XM_057949108.1
AGGGAATGGAGTACTAGGTTTCTGATTTGTGAGTCACCACCGTTCGCGCTCTCTCTCTCTCCGCCCTCCTCCGTTTCACTCTCTCTCGGTCTCTCTCTGCAGCCGCCGTTCGCCGCCGCCCCTGCCTCCTCCGGTCGCCGGGGCCACGGCCTCACCGCCTTGGACATCTCTGCGATTTGCAAGCGCCAAGCAGGCAGCACAGCATCAGTGCGCCGCCCAGCCCTCGCCGGCTCGCCCCCGACCGTCTCCTTCGATTGACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020354
ATGGAGGCTCAGACTTCGCCCTATCAAACCCGTTCACATAGTCAAAACATCGCGCCGCCGTCGTCTCCGTTTCCGTCTCCGTCACAGTCATCATCGGTGGCGCGACTCTGGAGACCAGCTGCTCAACGAAACCTGAGGAACCAGTGGTCGAAGCTCAATTCTCTCCTCCATGATTGGCGCTCTGCCGTCTCTGCCGGCCGCTCTCACGCCACCGCAATTGTCAACTCCTATCTCTCTCAGAAGTATATGGACGGAATGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805091.1
MEAQTSPYQTRSHSQNIAPPSSPFPSPSQSSSVARLWRPAAQRNLRNQWSKLNSLLHDWRSAVSAGRSHATAIVNSYLSQKYMDGMEFGVLSDMANIRKKAFNKLFRQQELDRGKLLKSYRDMVGVLTDMVKICKSMRCYLRGTSNSPLAQFSFSSEDGSDSGDCGGIPVFTFCSIASFEALALEIARMFISELNLKRLLVVEFLSIYDEKVAEAMGLQWSDELYEGEFDDLATLNLYSAETQKPNLPSLRHCNSSTSNM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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