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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003466

染色体: Chr04 坐标: 51145032-51148939 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003466
名称SmilChr04G003466
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g52630
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向51145032 - 51148939 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020356
GeneID131020356
locus_tag-
NCBI NameLOC131020356
原始查询LOC131020356

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g52630
产物putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g52630
ArabidopsisAT3G57430 (OTP84)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824910]
identity=39.2; qcov=0.949; evalue=0; confidence=medium
RiceOs01g0355100
-
identity=56.9; qcov=0.973; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF14432 (DYW_deaminase); PF20430 (Eplus_motif); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020356

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057805095.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057805095.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805095.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805095.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057805095.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:51146248 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr4:51146424 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr4:51146456 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr4:51146746 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B117
Chr4:51146835 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B47
Chr4:51146949 GGT G 2bp_deletion frameshift_variant 1 A9
Chr4:51146949 GGT G 2bp_deletion CDS_variant 1 A9
Chr4:51147151 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B78,B79,C78
Chr4:51147398 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:51147525 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A3,B46,B70,D10
Chr4:51147724 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A3,B46,B70,D10
Chr4:51147769 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805095.1
884 aa
N
1
442
884
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
E_motif
Eplus_motif
DYW_deaminase
C
PF13812 PPR_3 70-120 aa PF13041 PPR_2 71-120 aa PF01535 PPR 74-104 aa PF13041 PPR_2 172-218 aa PF01535 PPR 175-205 aa PF01535 PPR 246-267 aa PF13812 PPR_3 272-320 aa PF13041 PPR_2 273-321 aa PF01535 PPR 276-305 aa PF01535 PPR 351-374 aa PF01535 PPR 379-404 aa PF01535 PPR 450-471 aa PF01535 PPR 479-506 aa PF13041 PPR_2 479-524 aa PF01535 PPR 551-576 aa PF13041 PPR_2 577-623 aa PF01535 PPR 579-609 aa PF01535 PPR 615-641 aa PF01535 PPR 652-675 aa PF20431 E_motif 694-756 aa PF20430 Eplus_motif 761-784 aa PF14432 DYW_deaminase 792-884 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805095.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 70 120 2.7e-25 89.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057805095.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 71 120 4.1e-89 293.2 PPR repeat family
XP_057805095.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 74 104 4.3e-80 259.3 PPR repeat
XP_057805095.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 172 218 4.1e-89 293.2 PPR repeat family
XP_057805095.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 175 205 4.3e-80 259.3 PPR repeat
XP_057805095.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 246 267 4.3e-80 259.3 PPR repeat
XP_057805095.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 272 320 2.7e-25 89.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057805095.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 273 321 4.1e-89 293.2 PPR repeat family
XP_057805095.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 276 305 4.3e-80 259.3 PPR repeat
XP_057805095.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 351 374 4.3e-80 259.3 PPR repeat
XP_057805095.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 379 404 4.3e-80 259.3 PPR repeat
XP_057805095.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 450 471 4.3e-80 259.3 PPR repeat
XP_057805095.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 479 506 4.3e-80 259.3 PPR repeat
XP_057805095.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 479 524 4.1e-89 293.2 PPR repeat family
XP_057805095.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 551 576 4.3e-80 259.3 PPR repeat
XP_057805095.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 577 623 4.1e-89 293.2 PPR repeat family
XP_057805095.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 579 609 4.3e-80 259.3 PPR repeat
XP_057805095.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 615 641 4.3e-80 259.3 PPR repeat
XP_057805095.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 652 675 4.3e-80 259.3 PPR repeat
XP_057805095.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 694 756 4.9e-23 81.9 E motif
XP_057805095.1 Pfam PF20430 Eplus_motif Motif 761 784 6.7e-08 32.9 E+ motif
XP_057805095.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 792 884 9.3e-40 135.1 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949112.1
GAAATGGGGTCATCAACTCTCTACTCTCAAATCACCACCAACAGCGCGAAGCCTGAGTTGATTCTGCATCTTATTCTTCTCCCGAATTTCAAAACCCACGCTGGAGTTTATGGTTCTTCAACCATCTTACATTTCTTACTCAAAGTTCTTACCATTGCTGAGGCAAACTAAGTCTGTAAACGAAGGCCTCCAAACCCATGCCCAGCTAACTAAACTTGGATTATCCCAGGATCCCAAACTCCGTAACCATTTGATAAATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020356
ATGGTTCTTCAACCATCTTACATTTCTTACTCAAAGTTCTTACCATTGCTGAGGCAAACTAAGTCTGTAAACGAAGGCCTCCAAACCCATGCCCAGCTAACTAAACTTGGATTATCCCAGGATCCCAAACTCCGTAACCATTTGATAAATTTCTATTCTAAGTCTGGAGTTTTTTCTCATGCCCGCAAGCTGCTTGAAGAAAGTCCTGAACCAGATTTGGTTTCTTGGTCCTCGTTGATATCCGGGTATGCTCAGAATGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805095.1
MVLQPSYISYSKFLPLLRQTKSVNEGLQTHAQLTKLGLSQDPKLRNHLINFYSKSGVFSHARKLLEESPEPDLVSWSSLISGYAQNGLGEKALLAFHEMQALGVKGNEFTFPSVLKACANTTNFVLGKQVHGIVVVAGFESDVFVANTLVLMYAKCGSILDSRRLFGDIPERNVVSWNALLTCYTQSDLFGKAMGLFQEMIVGGIRPDEYSLSTVLNAATGLGDIGQGKKIHGHLIKLGYEGDPFSLNALVDMYAKGGDL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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