当前解析结果
SmilChr04G003475| 统一新 Gene ID | SmilChr04G003475 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G003475 |
| 描述 | stress response protein NST1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 51220171 - 51221727 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131020369 |
|---|---|
| GeneID | 131020369 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131020369 |
| 原始查询 | LOC131020369 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | stress response protein NST1-like |
| 产物 | stress response protein NST1-like |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os12g0271600 (BIP134)- identity=29.7; qcov=0.309; evalue=1.95e-06; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131020369 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.80000 | XP_057805118.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057805118.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057805118.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057805118.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057805118.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:51220394 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C75 |
Chr4:51220818 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B139,B61,B83,B89,C4 |
Chr4:51220823 |
G |
GGA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B83,B89 |
Chr4:51220823 |
G |
GGA |
2bp_insertion | CDS_variant | 2 | B83,B89 |
Chr4:51221226 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B98,C18,C22,C44 |
Chr4:51221232 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 123 | A1,A10,A13,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A3,A4,A9,B1,B10,B100,B101,B103,B105,B107,B108,B109,B11,B110,B112,B114,B115,B118,B120,B127,B130,B131,B136,B137,B138,B139,B18,B2,B20,B21,B23,B24,B25,B27,B28,B3,B30,B31,B34,B35,B38,B39,B40,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B50,B51,B53,B54,B59,B63,B64,B66,B7,B70,B71,B74,B75,B78,B8,B85,B86,B87,B91,B94,B99,C10,C12,C15,C16,C18,C19,C21,C26,C27,C30,C31,C35,C36,C37,C38,C39,C40,C41,C42,C45,C46,C47,C48,C49,C50,C53,C55,C56,C58,C60,C61,C64,C66,C70,C72,C73,C74,C78,C83,C86,D11,D3,D4,D5 |
Chr4:51221235 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 98 | A1,A10,A13,A14,A16,A18,A19,A2,A3,A4,A9,B1,B10,B103,B105,B107,B108,B109,B11,B110,B112,B114,B115,B118,B130,B136,B137,B138,B139,B18,B2,B21,B23,B25,B27,B28,B3,B30,B31,B34,B35,B38,B39,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B50,B51,B53,B54,B64,B66,B7,B70,B75,B8,B85,B86,B91,B94,B99,C10,C12,C15,C16,C18,C19,C21,C27,C30,C31,C36,C37,C38,C39,C40,C45,C46,C48,C49,C50,C53,C55,C58,C60,C64,C66,C72,C73,C78,C83,C86,D11,D4,D5 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。