当前解析结果
SmilChr04G003483| 统一新 Gene ID | SmilChr04G003483 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G003483 |
| 描述 | formin-like protein 20 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 51281707 - 51292148 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131020376 |
|---|---|
| GeneID | 131020376 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131020376 |
| 原始查询 | LOC131020376 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | formin-like protein 20 |
| 产物 | formin-like protein 20 |
| Arabidopsis | AT5G07740 (AT5G07740)actin binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3770686] identity=61.4; qcov=0.38; evalue=0; confidence=low |
| Rice | Os07g0596300 (BUI1)- identity=73.5; qcov=0.276; evalue=0; confidence=weak |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02181 (FH2); PF10409 (PTEN_C2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131020376 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057805126.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057805126.1 |
| 3 | Cytoskeleton | 细胞骨架 | 0.60000 | XP_057805127.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057805126.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057805126.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:51283555 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B53 |
Chr4:51284160 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr4:51284563 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B22 |
Chr4:51284716 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,D11 |
Chr4:51284739 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr4:51285132 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B117,B94,C23,C8 |
Chr4:51285181 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A24,D7 |
Chr4:51285235 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr4:51285249 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr4:51285253 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B41 |
Chr4:51285893 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B13 |
Chr4:51285899 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B33 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057805126.1PF10409
PTEN_C2 199-339 aa
PF02181
FH2 1159-1526 aa
XP_057805127.1PF10409
PTEN_C2 199-339 aa
PF02181
FH2 1115-1482 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057805126.1 |
Pfam | PF10409 |
PTEN_C2 | Domain | 199 | 339 | 9.6e-35 | 119.9 | C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein |
XP_057805126.1 |
Pfam | PF02181 |
FH2 | Family | 1159 | 1526 | 1e-114 | 384.3 | Formin Homology 2 Domain |
XP_057805127.1 |
Pfam | PF10409 |
PTEN_C2 | Domain | 199 | 339 | 9.2e-35 | 120.0 | C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein |
XP_057805127.1 |
Pfam | PF02181 |
FH2 | Family | 1115 | 1482 | 9.4e-115 | 384.4 | Formin Homology 2 Domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
3 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。