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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003514

染色体: Chr04 坐标: 51512162-51514885 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003514
名称SmilChr04G003514
描述uncharacterized SmilChr04G003514
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向51512162 - 51514885 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020399
GeneID131020399
locus_tag-
NCBI NameLOC131020399
原始查询LOC131020399

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述DWA1; symbol=DWA1; hit=Os04g0473900; species=rice; confidence=high
产物DWA1; symbol=DWA1; hit=Os04g0473900; species=rice; confidence=high
Arabidopsis-
-
RiceOs04g0473900 (DWA1)
-
identity=60.1; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0020037 (heme binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020399

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057805159.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.40000 XP_057805159.1
3 Mitochondrion outer membrane 线粒体外膜 0.40000 XP_057805159.1
4 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057805159.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057805159.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:51512196 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B4,C5
Chr4:51512254 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:51512262 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:51512345 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C84
Chr4:51512379 T TTC 2bp_insertion frameshift_variant 12 B117,B122,B140,B42,B43,C24,C32,C39,C68,C79,C85,D7
Chr4:51512435 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B59,B86
Chr4:51512493 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B100,B35,C21
Chr4:51512524 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B119,B22,C60,C84
Chr4:51512599 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B22,C80
Chr4:51512599 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B22,C80
Chr4:51512632 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:51512655 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949176.1
ACAATAAGATCAGTGTATAGCATAGTTTAGCATGTGTTAGCACCTCTCTCTCATTCTTTCATTTATGTTATGCAAAGTAAGAATCTAGAAAACTCGTGAACTAAGCTTCATCTAACAATGGTTGCAGGGTAAAACAGAGAAACAAATGATTAGAAAAAATTGTGATAGTTATGCATCAATAGTTCACTTGCTTGGGATCTATACAGTTGGGTGCATCGGCAGCTTATCAGGAGCAGCATCTTATCTGATCTATCTCTGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020399
ATGGTTAAGAACACACTGCACAGCTTCGACGACAGGATAGAAGAGATGGATGTGAAATACAAAAAGGTGTTAGGTAATCTTGCTGCAAATCTGGCGAGCTCGACGCTCAAGTTGAAGTCGCGGTACTTCCATCGGATTGGTGCAGCGGGCAAAGGATCATTGAAGATATATGATCATGTAATTTTTTTTCCAGATCATGAAATCTTCTCCCCTGGGAAGAAGTATTCTGTGGTGTTGCGCCACAGCAATTGCTTAAGCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805159.1
MVKNTLHSFDDRIEEMDVKYKKVLGNLAANLASSTLKLKSRYFHRIGAAGKGSLKIYDHVIFFPDHEIFSPGKKYSVVLRHSNCLSSDDDARLDPRGAALRIGDASTPLLDLTLKTGNAFHARSIGDFATWLVCGAAAREEHVKHSPHIRDAMWHSLRRADSYTQLHYYSNICRLFRFKDGQEMYVKFKLRPYDRAIGEDNGKVEPIGILPPETGAIPRDEGDQRPRLFLADDFQRRVSSPDKVRYVLQLQIRRVPEDET...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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