当前解析结果
SmilChr04G003520| 统一新 Gene ID | SmilChr04G003520 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G003520 |
| 描述 | protein ENHANCED PSEUDOMONAS SUSCEPTIBILITY 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 51576554 - 51578207 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131020406 |
|---|---|
| GeneID | 131020406 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131020406 |
| 原始查询 | LOC131020406 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein ENHANCED PSEUDOMONAS SUSCEPTIBILITY 1-like |
| 产物 | protein ENHANCED PSEUDOMONAS SUSCEPTIBILITY 1-like |
| Arabidopsis | AT3G50270 (AT3G50270)HXXXD-type acyl-transferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824189] identity=37.4; qcov=1.04; evalue=9.33e-94; confidence=medium |
| Rice | Os08g0111800- identity=38.6; qcov=0.977; evalue=1.32e-84; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02458 (Transferase) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131020406 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057805165.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057805165.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057805165.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057805165.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057805165.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:51576699 |
C |
CG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 4 | A15,B7,B91,D4 |
Chr4:51576699 |
C |
CG |
1bp_insertion | CDS_variant | 4 | A15,B7,B91,D4 |
Chr4:51576738 |
C |
CAT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B124 |
Chr4:51576738 |
C |
CAT |
2bp_insertion | CDS_variant | 1 | B124 |
Chr4:51576812 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B3,C13,C4,C40 |
Chr4:51577116 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A18,C14,C65 |
Chr4:51577161 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B130,B33,B63,C12,C53 |
Chr4:51577177 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B114,B44 |
Chr4:51577192 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B99,C8 |
Chr4:51577192 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | B99,C8 |
Chr4:51577212 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B130,B33,B63,C12,C53 |
Chr4:51577228 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057805165.1PF02458
Transferase 20-435 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057805165.1 |
Pfam | PF02458 |
Transferase | Family | 20 | 435 | 2.5e-71 | 241.4 | Transferase family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。