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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003538

染色体: Chr04 坐标: 51733903-51736035 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003538
名称SmilChr04G003538
描述protein VAPYRIN-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向51733903 - 51736035 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020421
GeneID131020421
locus_tag-
NCBI NameLOC131020421
原始查询LOC131020421

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein VAPYRIN-like
产物protein VAPYRIN-like
ArabidopsisAT5G13530 (KEG)
protein kinases;ubiquitin-protein ligase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831197]
identity=28.2; qcov=0.581; evalue=5.44e-26; confidence=low
RiceOs03g0655500
-
identity=47.3; qcov=0.958; evalue=2.17e-140; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00023 (Ank); PF00635 (Motile_Sperm); PF12796 (Ank_2); PF13606 (Ank_3); PF13637 (Ank_4); PF13857 (Ank_5)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020421

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057805186.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057805186.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057805186.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057805186.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805186.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:51734429 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C45,C7
Chr4:51734441 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C13,C42,D4,D6
Chr4:51734720 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B41,D11
Chr4:51734780 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A6,D5
Chr4:51734975 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B75,C73,C74
Chr4:51734994 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B47
Chr4:51734998 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B7
Chr4:51734998 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B7
Chr4:51735044 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C22
Chr4:51735059 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr4:51735213 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C29
Chr4:51735356 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B130,B91,C12,C53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805186.1
525 aa
N
1
262
525
Motile_Sperm
Ank_2
Ank_3
Ank
Ank_4
Ank_5
Ank_2
Ank_3
Ank
Ank
Ank_4
Ank_2
Ank_3
Ank
Ank_4
Ank_2
Ank_3
Ank
Ank_4
Ank_5
Ank_2
Ank_3
Ank
C
PF00635 Motile_Sperm 5-102 aa PF12796 Ank_2 164-231 aa PF13606 Ank_3 170-198 aa PF00023 Ank 204-231 aa PF13637 Ank_4 210-256 aa PF13857 Ank_5 226-277 aa PF12796 Ank_2 236-298 aa PF13606 Ank_3 237-265 aa PF00023 Ank 239-267 aa PF00023 Ank 269-299 aa PF13637 Ank_4 274-324 aa PF12796 Ank_2 298-352 aa PF13606 Ank_3 303-329 aa PF00023 Ank 303-333 aa PF13637 Ank_4 362-408 aa PF12796 Ank_2 362-453 aa PF13606 Ank_3 390-419 aa PF00023 Ank 390-421 aa PF13637 Ank_4 396-444 aa PF13857 Ank_5 411-464 aa PF12796 Ank_2 422-477 aa PF13606 Ank_3 423-451 aa PF00023 Ank 424-455 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805186.1 Pfam PF00635 Motile_Sperm Domain 5 102 6.4e-10 39.6 MSP (Major sperm protein) domain
XP_057805186.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 164 231 2.3e-61 205.1 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057805186.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 170 198 6.8e-43 139.9 Ankyrin repeat
XP_057805186.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 204 231 2e-57 188.6 Ankyrin repeat
XP_057805186.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 210 256 9.5e-49 163.0 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057805186.1 Pfam PF13857 Ank_5 Repeat 226 277 6.3e-40 135.5 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057805186.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 236 298 2.3e-61 205.1 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057805186.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 237 265 6.8e-43 139.9 Ankyrin repeat
XP_057805186.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 239 267 2e-57 188.6 Ankyrin repeat
XP_057805186.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 269 299 2e-57 188.6 Ankyrin repeat
XP_057805186.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 274 324 9.5e-49 163.0 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057805186.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 298 352 2.3e-61 205.1 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057805186.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 303 329 6.8e-43 139.9 Ankyrin repeat
XP_057805186.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 303 333 2e-57 188.6 Ankyrin repeat
XP_057805186.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 362 408 9.5e-49 163.0 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057805186.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 362 453 2.3e-61 205.1 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057805186.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 390 419 6.8e-43 139.9 Ankyrin repeat
XP_057805186.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 390 421 2e-57 188.6 Ankyrin repeat
XP_057805186.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 396 444 9.5e-49 163.0 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057805186.1 Pfam PF13857 Ank_5 Repeat 411 464 6.3e-40 135.5 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057805186.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 422 477 2.3e-61 205.1 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057805186.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 423 451 6.8e-43 139.9 Ankyrin repeat
XP_057805186.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 424 455 2e-57 188.6 Ankyrin repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949203.1
ATTGATGCAATCATGAGAATTGTGTCTTGTGTTGACACAGCAACAACATATATAAAAAATAAAACCACCAACAAAATATTACTGATATTCTATTATTCTCCTAGGAGAGTACAACAGATACGAAAACGACGTGAAATAAATAATAAAAAAAAAACAAAAATAATAGTGGTAAAAATGTTGCTCGAGGGAACTTAGCCCAAGTCGGACACGAGATAGAACAAGTCCTCATTGATTTCAACTCCACCAAGTGTCGCCCCCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020421
ATGGATAGGCTGATAAGCTTAGAGCCGTCGAATGTGGTGACGGTGAGGATGGAGGCGGGCCACAAATCCTCCGGCTCCATCACCCTCCGCAACGTCATGTACACCATGCCCGTGGCCTTCCGCCTCCACCCCACCAACAAGGCCCGCTACACCGTGGCGCCGCAGTCGGGGATCATCCTCCCCCTCACCACCCTCACCCTCGAGATCACCTACCACCCGCCCCCCGCCCTCCCCCACCGCTACCCCCACTGCGACGACAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805186.1
MDRLISLEPSNVVTVRMEAGHKSSGSITLRNVMYTMPVAFRLHPTNKARYTVAPQSGIILPLTTLTLEITYHPPPALPHRYPHCDDTFVLQSVVAPGAAVKNLSSTYDAVPSDWFTNKKKQVYSDSGIRIMFVGSAVLTHLVAKGFMDDIREVLEKSDPLWRPADSLDSDGQPLLHLAIAQSRADLVQLLLEFNPDVEAPGREGSTPLEAAAAAGEALIVELLLAHKANPERSEASNWGPIHLAAANGHADVVRHLLLKG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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