Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003556`

染色体: Chr04 坐标: 51948494-51951068 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003556`
名称	SmilChr04G003556
描述	uncharacterized SmilChr04G003556
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	51948494 - 51951068 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020440`
GeneID	`131020440`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020440`
原始查询	`LOC131020440`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	nucleic acid binding / methyltransferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825016]; symbol=AT3G58470; hit=AT3G58470; species=arabidopsis; confidence=high
产物	nucleic acid binding / methyltransferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825016]; symbol=AT3G58470; hit=AT3G58470; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT3G58470` (AT3G58470) nucleic acid binding / methyltransferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825016] identity=64.9; qcov=0.912; evalue=3.26e-102; confidence=high
Rice	`Os03g0749900` (OSJNBa0047E24.28) - identity=61.9; qcov=0.924; evalue=1.39e-89; confidence=high
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0016279 (protein-lysine N-methyltransferase activity); GO:0032259 (methylation)
KEGG	-
Pfam	PF10237 (N6-adenineMlase)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020440

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057805219.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057805219.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057805219.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057805219.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057805219.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:51950207`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	231	A1,A10,A11,A13,A14,A15,A18,A19,A2,A20,A22,A23,A24,A3,A4,A5,A6,A8,A9,B10,B101,B102,B103,B104,B105,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B127,B128,B129,B13,B130,B131,B132,B133,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B23,B24,B26,B28,B29,B3,B30,B31,B32,B33,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B48,B49,B5,B50,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B58,B59,B6,B60,B61,B62,B63,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B76,B78,B79,B8,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B87,B88,B89,B9,B91,B92,B93,B94,B97,B98,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C15,C16,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C27,C28,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C42,C43,C44,C45,C46,C47,C48,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C69,C7,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C81,C82,C83,C84,C86,C87,C9,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D6,D7,D8
`Chr4:51950634`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C17
`Chr4:51950634`	`CT`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C17

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805219.1

250 aa

125

250

N6-adenineMlase

PF10237 N6-adenineMlase 74-238 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057805219.1`	Pfam	`PF10237`	N6-adenineMlase	Family	74	238	3.4e-53	180.4	Probable N6-adenine methyltransferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057949236.1
AGGTTTTGGGTTTGAGTTTATCGTGACATTTTTAGATTTTTTTTCATTTAATTAATAATTTCTAGGTATAGCTGTTGGGATTTAATTTTGGTAAATAAAAAGAAAAAGAAAAACTACACATGAGTTAACCTCAGTGTTGGGGAAATATAAACCATCAGATTCCAAACTCGCCGTCACCGAAACCCCAATAAAACCTCCACTCTTCTACCCTTCGCCGGAAAATGATGTCTGCCGACGAAAACCTCGTTAAAGAACCCGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131020440
ATGATGTCTGCCGACGAAAACCTCGTTAAAGAACCCGAAGCTTCCGTAAACGACACCGTAGTTGTCAATGGCATCAGCGGAGACGAAGAAGACGATATTCCTATGTTGAGCTCTCACGCTCTGGAAGCGCTCAAAGAGTTCCTTGCAGAACAGAACCAGGCTGCTGCCGCCGCCGAAGAAGCCGTAGACGGAGACGGGGAGGAGGTGGCGCTGGTAACAGAGGACTGGCGGCTCAGCCAGTTCTGGTACGACCGCCAAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057805219.1
MMSADENLVKEPEASVNDTVVVNGISGDEEDDIPMLSSHALEALKEFLAEQNQAAAAAEEAVDGDGEEVALVTEDWRLSQFWYDRQTAETIAAEVAALSETLPSPRVSCIACPTLYAYLKKIIPGVPAQLLEYDKRFEQYRDEFTFYDYNQPEDLPSSLKHSFPIVVADPPYLSKECLEKIAETVKFLCKPGECYLLLLTGEVQTDLAAELLGLRPCGFQPQHSSKLGNEFRLFTSYDPGARLGGWQHDI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器