Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001785`

染色体: Chr01 坐标: 32731986-32737720 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001785`
名称	SmilChr01G001785
描述	protein TIC 40, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	32731986 - 32737720 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020443`
GeneID	`131020443`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020443`
原始查询	`LOC131020443`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein TIC 40, chloroplastic
产物	protein TIC 40%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT5G16620` (TIC40) hydroxyproline-rich glycoprotein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831524] identity=52.8; qcov=1.07; evalue=1.22e-125; confidence=high
Rice	`Os04g0439900` - identity=55.1; qcov=0.851; evalue=1.41e-119; confidence=high
GO	GO:0009535 (chloroplast thylakoid membrane); GO:0009658 (chloroplast organization); GO:0009706 (chloroplast inner membrane); GO:0045037 (protein import into chloroplast stroma)
KEGG	-
Pfam	PF17830 (STI1-HOP_DP)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020443

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057805230.1`
2	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.80000	`XP_057805230.1`
3	Chloroplast thylakoid	类囊体	0.20000	`XP_057805230.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057805230.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057805230.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:32733025`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A20,B104,B18
`Chr1:32733054`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B100
`Chr1:32733107`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B12,B121,B13
`Chr1:32733432`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C14
`Chr1:32733928`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21
`Chr1:32734029`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B85
`Chr1:32734069`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B90
`Chr1:32734465`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B104,B124,C16,C20,C70
`Chr1:32734485`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C39
`Chr1:32734507`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B32
`Chr1:32736955`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B7,C45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805230.1

437 aa

218

437

STI1-HOP_DP

PF17830 STI1-HOP_DP 378-428 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057805230.1`	Pfam	`PF17830`	STI1-HOP_DP	Domain	378	428	1e-11	45.3	STI1/HOP, DP domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057949247.1
TTTTTTTTTTTTTTACAAAAGATAATTTTATAATTTCTCATTCATTCTTTATGTCAATAAAGCAAAGTAAAAGTCCAAAAGATTCAAAATGCACTTTTGCCATACATAAAAAAAGAAAAAAGAAAAAAAATCCGCCATCTCACCGTTCGGGTCGGGTTCCTCCGGCCCATTTGAAAGGTCCGAATCCGATTCGCAATCTCGTTAACGCTTCCCCTGAATTACGTAAGTCACGCACAGAGCATTTGCCCTCTCTCCCTCTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131020443
ATGGAGAACTTGGGCATGGTTTCGTCACCCAAAATAGTATTGGGAGTCTCCCCAAATCCGAAGAACTCACTAATTTCAATTTCCAGCAAACAATTTGTCGGTCTTCCAAATTTACTCAGAAAAACGGGGAAAAGTTTCAGAAAGAGCAATCCTACTCCTTCGGTCTCGGTTGTTTCTTTCTTCGAGGCGCGCAAAGCCACCAAAACTATAGTGGCGGAGAAAGTTGCAAGGGACTGTTTTGCTAGCATTGCTTCTAGTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057805230.1
MENLGMVSSPKIVLGVSPNPKNSLISISSKQFVGLPNLLRKTGKSFRKSNPTPSVSVVSFFEARKATKTIVAEKVARDCFASIASSGQQTSSVGANPQISVPPTSSQVGSPLFWIGVGVGLSALFSWVAGRVKKYAMEQAFKTFTQQMNTQNSPFGNNAFSPGSPFPFPPPATSPASDSFKSGAPSFTSGTPAASQSITDIPATKVEDPPSTSVNNKVEPQDAPKKYAFVDVSPEETVQKSAFEDYKETIQTDSPNNYSQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器