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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003593

染色体: Chr04 坐标: 52357570-52361422 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003593
名称SmilChr04G003593
描述myosin-binding protein 7
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向52357570 - 52361422 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020472
GeneID131020472
locus_tag-
NCBI NameLOC131020472
原始查询LOC131020472

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述myosin-binding protein 7
产物myosin-binding protein 7
ArabidopsisAT5G06560 (AT5G06560)
myosin-binding protein (Protein of unknown function, DUF593) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830544]
identity=52.1; qcov=0.985; evalue=1.26e-175; confidence=high
RiceOs12g0488700
-
identity=32.1; qcov=0.971; evalue=5.84e-43; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF04576 (Zein-binding)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020472

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057805277.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057805277.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805277.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805277.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057805277.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:52357968 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B19,C76,D8
Chr4:52357989 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B128,B16
Chr4:52357989 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B128,B16
Chr4:52358601 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,C55
Chr4:52359398 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:52359424 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,B75,B82
Chr4:52359517 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr4:52359575 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:52359630 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B85
Chr4:52359947 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B19,C76,D8
Chr4:52359982 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B44,C79
Chr4:52359990 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805277.1
520 aa
N
1
260
520
Zein-binding
C
PF04576 Zein-binding 71-161 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805277.1 Pfam PF04576 Zein-binding Coiled-coil 71 161 1.5e-34 118.8 Zein-binding

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949294.1
TCTTCTCTCTCCAAAGTCCAACCAACAATAAACAACCTCTCCCCCTATCTCTCTCTTCTCTCTCTCTCTAAAAATCAGCTATCAGATTTTCGCGAAACACGAAGCAAAATCAAAATCAAAAAATAAACTCCGAAACACAAAAACAAATACTGGGCAGAGAATAATACATCACCGAAACGGATAGGGTTTCAAATCCTCCCCCAATCATAATTTCCTTTCCCTCAATCTCCCAATTCCACCGGGAGATTGATTTCCCCTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020472
ATGGAGCTAGATGATTCGCTCCAATCGATGAGCCATGTCCAGTGTTGTGACTGTGGGTGCAGCTGTTCAATGACGAACACGGCCTCATCTGAGGCGTGTCTCCGGTCTGTCAAGCGTAAATATGATGATGTCAAGGAAGAAAACAAATTTACTGTCCCGGGACTTGTTGTACCGCAAAATGCCCGCGTGGAGGTAGAAAATGAATGTATGGCACTGCGTGAAACAGTCAGCAGTCAGCAGCAGACTATCCAGGATCTCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805277.1
MELDDSLQSMSHVQCCDCGCSCSMTNTASSEACLRSVKRKYDDVKEENKFTVPGLVVPQNARVEVENECMALRETVSSQQQTIQDLIMELEEERNASSSAANEAMSMILRLQREKAEVHMEARQFKRFAEGKMAHDQQEALALEDLLYKREQTIHSLTCEVQAYKHRMMSFGLTESEADGEKVASQNTSMTENLEGQYEFPAYEMYPPLKCNINESQAYPDGDDETADIEKYPFGETPRSRYELKDFEYRLNELEQSPRT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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