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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003598

染色体: Chr04 坐标: 52426179-52427156 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003598
名称SmilChr04G003598
描述uncharacterized SmilChr04G003598
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向52426179 - 52427156 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020475
GeneID131020475
locus_tag-
NCBI NameLOC131020475
原始查询LOC131020475

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824413]; symbol=AT3G52480; hit=AT3G52480; species=arabidopsis; confidence=low
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824413]; symbol=AT3G52480; hit=AT3G52480; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT3G52480 (AT3G52480)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824413]
identity=32.2; qcov=0.919; evalue=3.31e-17; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020475

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057805279.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057805279.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805279.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805279.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057805279.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:52426560 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:52426838 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B26,B47,C11,C6,C69
Chr4:52426842 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A24,B127,B37,B98,C62
Chr4:52426932 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949296.1
GACACGTCAGCTTCCACGTCACTCCAAAGGCTTCATTATCCGTTAGTGACCCCCACAACCAACTATCTCCGGTTTCCTGTCTCAACCATGAGAAACTTTTTTCGCCAGATTTTGATTGTTAAATTAGGTAAAACGTCCTTAATTTTCAAAGCTTTTTCCAATCTTTTTCACGTGATTATTGCTATATAGCATCATAGTTTCAAGGCTGATACACCTACCAAAAATGAGCGGCAGCGGCGGCGGCGGCGGAGCACTAAGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020475
ATGAGCGGCAGCGGCGGCGGCGGCGGAGCACTAAGCAAGTTAGGCATTGCACTCGTGATAATCTTCGCAATCTCAGTTCTGGCAATCTTCACGCAGCTTTTCTATGTGTTTTGGCGCCGCCTTGTATTCCGCCGTCGAACCAGTGCTGCTAGCGGAGGCGGAGACGAAATCTCGCGCTACTCTTCGTCGGAATCCGCTTCCAGCGCACCATCAAAGGAGCTCCTCTATTTCTTCTGCGTAAGACCGCAGCTCCACCTCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805279.1
MSGSGGGGGALSKLGIALVIIFAISVLAIFTQLFYVFWRRLVFRRRTSAASGGGDEISRYSSSESASSAPSKELLYFFCVRPQLHLDQSSLTANSGGGERNSDHESDVEVIDIDLLKIQGVFGPPRFLFTIKEEEREGTESPAKTTPFPAENEMKEVVGDEKRGSVSLEECLRSAVEVEIDDRDDTTPFSTPCASPLYFTPSASPVHEAVNGRSTGVATTFAV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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