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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003604

染色体: Chr04 坐标: 52494122-52496554 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003604
名称SmilChr04G003604
描述aluminum-activated malate transporter 8-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向52494122 - 52496554 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020479
GeneID131020479
locus_tag-
NCBI NameLOC131020479
原始查询LOC131020479

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述aluminum-activated malate transporter 8-like
产物aluminum-activated malate transporter 8-like
ArabidopsisAT3G11680 (AT3G11680)
aluminum activated malate transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820340]
identity=52.1; qcov=0.958; evalue=2.51e-156; confidence=high
RiceOs04g0417000 (OsALMT1)
-
identity=50.6; qcov=0.842; evalue=1.51e-134; confidence=high
GOGO:0009705 (plant-type vacuole membrane); GO:0015743 (malate transport)
KEGG-
PfamPF11744 (ALMT); PF13515 (FUSC_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020479

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057805284.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057805284.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805284.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805284.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057805284.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:52494342 ATC A 2bp_deletion frameshift_variant 1 D10
Chr4:52494342 ATC A 2bp_deletion CDS_variant 1 D10
Chr4:52494385 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C36
Chr4:52494420 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 4 B61,B76,B95,C81
Chr4:52494420 G GA 1bp_insertion CDS_variant 4 B61,B76,B95,C81
Chr4:52494548 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr4:52494627 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr4:52494664 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B119
Chr4:52494800 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B121,B81,C52
Chr4:52494800 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B121,B81,C52
Chr4:52494883 AGG A 2bp_deletion frameshift_variant 3 A25,B48,C4
Chr4:52494883 AGG A 2bp_deletion CDS_variant 3 A25,B48,C4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805284.1
481 aa
N
1
240
481
ALMT
FUSC_2
C
PF11744 ALMT 33-382 aa PF13515 FUSC_2 56-195 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805284.1 Pfam PF11744 ALMT Family 33 382 1.3e-145 486.6 Aluminium activated malate transporter
XP_057805284.1 Pfam PF13515 FUSC_2 Family 56 195 3.2e-10 40.9 Fusaric acid resistance protein-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949301.1
CTTACCATCACCATCAGCACTCTATAGTTAATATCTATAGAGCTTCTCTTCTCTCCATCTCACCAGCCATCACCACCACCACCACCATCATGGAGATGAACTCACAAAACCAAGAGAAATCTCACATGGCCTCCTTTCCTGCAAAACTCAAATCAAACACAGCCGAATTCATCAACAAAATTAAGAAAATTGGAGAGGAAGATCCAAGAAGGATCATACACTCCGCCAAAGTCGGATTGGCTTTGACATTGGTCTCCTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020479
ATGGAGATGAACTCACAAAACCAAGAGAAATCTCACATGGCCTCCTTTCCTGCAAAACTCAAATCAAACACAGCCGAATTCATCAACAAAATTAAGAAAATTGGAGAGGAAGATCCAAGAAGGATCATACACTCCGCCAAAGTCGGATTGGCTTTGACATTGGTCTCCTTCTTCTATTACTTCAGACCCCTCTATGACGGCTTCGGACAGGCTGGAATGTGGGCAATCTTAACTGTTGTCGTTGTCTTTGAGTTCACTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805284.1
MEMNSQNQEKSHMASFPAKLKSNTAEFINKIKKIGEEDPRRIIHSAKVGLALTLVSFFYYFRPLYDGFGQAGMWAILTVVVVFEFTVGGTLSKCINRGCATLLAGALGVGAEYLASVCGEKGEPVVLGLMVFSLAAVSTFTRFFPNVKRKYDYGVLIFILTFSLVAVSGYRVGQILELAHQRLSTILIGGATCMIISIFFCPVWAGQDLHYLVAANIEKLAAFLQGFGGELLTFSGDESIKDSGAKNVEKSFLKGYKNVL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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