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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003621

染色体: Chr04 坐标: 52698954-52699788 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003621
名称SmilChr04G003621
描述transcription repressor OFP6-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向52698954 - 52699788 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020494
GeneID131020494
locus_tag-
NCBI NameLOC131020494
原始查询LOC131020494

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription repressor OFP6-like
产物transcription repressor OFP6-like
ArabidopsisAT3G52525 (OFP6)
ovate family protein 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824418]
identity=76.9; qcov=0.378; evalue=1.2e-31; confidence=low
RiceOs10g0532600 (OsOFP17)
-
identity=61.3; qcov=0.36; evalue=5.94e-21; confidence=low
GOGO:0045892 (negative regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF04844 (Ovate)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020494

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057805328.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057805328.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057805328.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805328.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805328.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:52699064 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B3,B46,B70,C82
Chr4:52699193 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C45,C7
Chr4:52699277 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B48,C39
Chr4:52699349 GCT G 2bp_deletion frameshift_variant 1 B37
Chr4:52699349 GCT G 2bp_deletion CDS_variant 1 B37
Chr4:52699460 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C84
Chr4:52699476 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B134,B88,C71
Chr4:52699503 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 5 B76,C16,C33,C56,C60
Chr4:52699503 AC A 1bp_deletion CDS_variant 5 B76,C16,C33,C56,C60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805328.1
172 aa
N
1
86
172
Ovate
C
PF04844 Ovate 96-151 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805328.1 Pfam PF04844 Ovate Family 96 151 1.1e-23 83.7 Transcriptional repressor, ovate

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949345.1
ATATATCTCTGAACTTCAAAAGAAAAAAAAGAAAGAAGAAGGTCTTGTACAATGTCCAGCGCCAAGAAAAAACACATTCTCAACACAGTGAGCGTGAAACTAGGCTGCAGGCCATCACTCAGCGCCTTCTTCCGCCGCAAACTAAGGCAGCGCCACCACCCCCACAACCACAAGTCCTCCTCCTCCAGCTCCTTCAACACCGCCACCACCTTCTCCTCCTCCGCAGTGGACACGCCGCTGCAGTACTCCTCCGACCCGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020494
ATGTCCAGCGCCAAGAAAAAACACATTCTCAACACAGTGAGCGTGAAACTAGGCTGCAGGCCATCACTCAGCGCCTTCTTCCGCCGCAAACTAAGGCAGCGCCACCACCCCCACAACCACAAGTCCTCCTCCTCCAGCTCCTTCAACACCGCCACCACCTTCTCCTCCTCCGCAGTGGACACGCCGCTGCAGTACTCCTCCGACCCGGACTCCGAAATCAAGAGCCAGCGCGCAGTCCAGGGCTTCGGGAGGCTCGGCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805328.1
MSSAKKKHILNTVSVKLGCRPSLSAFFRRKLRQRHHPHNHKSSSSSSFNTATTFSSSAVDTPLQYSSDPDSEIKSQRAVQGFGRLGGQSVAVEKDSDDPYLDFRRSMLQMILERELYSKDDLKELLNCFLQLNSPYYHGLIVRAFKEIWSAAAVCPSPSPNTLGAWTSGDYF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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