当前解析结果
SmilChr04G003621| 统一新 Gene ID | SmilChr04G003621 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G003621 |
| 描述 | transcription repressor OFP6-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 52698954 - 52699788 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131020494 |
|---|---|
| GeneID | 131020494 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131020494 |
| 原始查询 | LOC131020494 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | transcription repressor OFP6-like |
| 产物 | transcription repressor OFP6-like |
| Arabidopsis | AT3G52525 (OFP6)ovate family protein 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824418] identity=76.9; qcov=0.378; evalue=1.2e-31; confidence=low |
| Rice | Os10g0532600 (OsOFP17)- identity=61.3; qcov=0.36; evalue=5.94e-21; confidence=low |
| GO | GO:0045892 (negative regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04844 (Ovate) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131020494 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057805328.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057805328.1 |
| 3 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.40000 | XP_057805328.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057805328.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057805328.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:52699064 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B3,B46,B70,C82 |
Chr4:52699193 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C45,C7 |
Chr4:52699277 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B48,C39 |
Chr4:52699349 |
GCT |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B37 |
Chr4:52699349 |
GCT |
G |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B37 |
Chr4:52699460 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C84 |
Chr4:52699476 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B134,B88,C71 |
Chr4:52699503 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 5 | B76,C16,C33,C56,C60 |
Chr4:52699503 |
AC |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 5 | B76,C16,C33,C56,C60 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057805328.1PF04844
Ovate 96-151 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057805328.1 |
Pfam | PF04844 |
Ovate | Family | 96 | 151 | 1.1e-23 | 83.7 | Transcriptional repressor, ovate |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。