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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003626

染色体: Chr04 坐标: 52744509-52747697 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003626
名称SmilChr04G003626
描述uncharacterized SmilChr04G003626
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向52744509 - 52747697 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020499
GeneID131020499
locus_tag-
NCBI NameLOC131020499
原始查询LOC131020499

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os02g0536400; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os02g0536400; species=rice; confidence=weak
ArabidopsisAT5G54900 (RBP45A)
RNA-binding protein 45A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835581]
identity=38.6; qcov=0.109; evalue=1.34e-06; confidence=weak
RiceOs02g0536400
-
identity=54.4; qcov=0.144; evalue=1.82e-27; confidence=weak
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
PfamPF00076 (RRM_1); PF00098 (zf-CCHC)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020499

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057805334.1
2 Nuclear speckle 核斑点 0.80000 XP_057805334.1
3 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057805334.1
4 Nuclear body 核内小体 0.20000 XP_057805334.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805334.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805334.1
641 aa
N
1
320
641
RRM_1
zf-CCHC
C
PF00076 RRM_1 4-63 aa PF00098 zf-CCHC 237-252 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805334.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 4 63 1.5e-08 35.1 RNA recognition motif
XP_057805334.1 Pfam PF00098 zf-CCHC Domain 237 252 7.6e-05 23.3 Zinc knuckle

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949351.1
AAAGAAAAAAGTAAAGGAAGCCGAAAAGCCATTATAAGAAACGGAAGGAGACCAAAAAGCGACGATCTACAAATTGCTCTCTACACTGTGAATTTGATACTCCAGTCTCCAGCTGTGCTATATAATCACCGAATTAATTATTCACATACTGCAAAAAAAGAGTTACCCCTCGTCACAATCTCCATATGTCGTTGCATATTGGAAACCTATCAGCTGGCACTCGTATAGATGAGCTTCAACGTGTTTTCCGGAGGTTTGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020499
ATGTCGTTGCATATTGGAAACCTATCAGCTGGCACTCGTATAGATGAGCTTCAACGTGTTTTCCGGAGGTTTGGTAGGTGTACTGTACGAGTGAAGGACAAGTATGGTTTTGTAGTTTATGATTATCCTGCTGGTGCTGAAAAAGCTCTTAAAACACTTCGTGGGACAAGGATTTGTGGTCAGGCCATAACAATATCATGGTCTAATCGGCAGCCCCGGAATTTGCAAAGGCTCCCCACTGGGGAAAAGTCGAACGAGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805334.1
MSLHIGNLSAGTRIDELQRVFRRFGRCTVRVKDKYGFVVYDYPAGAEKALKTLRGTRICGQAITISWSNRQPRNLQRLPTGEKSNELPHRRYSMKEYAHRRLGSYGRRENEMNSQEADGELKTGASDLIYESTRYRPDDSKPYVRESSHTSRSDHHVKGDGRKNHLNVSRWDEQAIDPLNEIYLENNLDFDRYEPHNSDCKKELDERTDISPLVGSPSVKKIQDRRGLSYNEKSQKSCYICGEVGHKRSNCPLEPKRHAS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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