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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003630

染色体: Chr04 坐标: 52812795-52817443 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003630
名称SmilChr04G003630
描述magnesium transporter MRS2-3-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向52812795 - 52817443 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020503
GeneID131020503
locus_tag-
NCBI NameLOC131020503
原始查询LOC131020503

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述magnesium transporter MRS2-3-like
产物magnesium transporter MRS2-3-like
ArabidopsisAT3G19640 (MGT4)
magnesium transporter 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821501]
identity=66.5; qcov=0.986; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0908500 (OsMRS2-3)
-
identity=53.8; qcov=0.953; evalue=1.04e-147; confidence=high
GOGO:0015095 (magnesium ion transmembrane transporter activity); GO:0015693 (magnesium ion transport); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF22099 (MRS2-like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020503

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057805336.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057805336.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805336.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805336.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057805336.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:52813143 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16
Chr4:52813176 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:52813233 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B41,B85
Chr4:52815464 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805336.1
488 aa
N
1
244
488
MRS2-like
MRS2-like
MRS2-like
C
PF22099 MRS2-like 51-124 aa PF22099 MRS2-like 200-302 aa PF22099 MRS2-like 366-411 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805336.1 Pfam PF22099 MRS2-like Family 51 124 7.5e-37 127.5 Magnesium transporter MRS2-like
XP_057805336.1 Pfam PF22099 MRS2-like Family 200 302 7.5e-37 127.5 Magnesium transporter MRS2-like
XP_057805336.1 Pfam PF22099 MRS2-like Family 366 411 7.5e-37 127.5 Magnesium transporter MRS2-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949353.1
GAATCCGTCGAGAAATAAATCACCGGTATCGGATATGTAGTGGGACTCGGTTATGAATTTTATTTGTAAGATTATCTCTTACTAATTAGTAATTATTATTAAAAATTTCATGTTTTGTGCGTGAAATCTCACTACTTTCTACTCCACATGTAATGTAACACAACACAACTATCTATCAATTCCAGAATCATCGACAAACCCTCAAAATTTCCGATCCCAAATCCAAATATTCGATCATCAAACCATGCGGGAAGCTCCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020503
ATGCGGGAAGCTCCGGTCCACCCCCCGAAGCAAGTAGCAGCCGCGCCGGAGGAAGATGGAAGCGGGGAGCCCCTCCTCCGCCCCGCCGCCGCCGCCGTCGGCGTCGGCGCGCTCCGGAAGAAGGCGACGGGAGTGAGGTCGTGGCTGCTTCTCGACTCCACGGGCCAGGCCCAGGTGGTGGAGGTTGGGAAACACGCCATCATGCGGCGGACTGGGCTGCCGGCCCGCGATCTCAGGATTCTCGACCCGCTCCTGTCCTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805336.1
MREAPVHPPKQVAAAPEEDGSGEPLLRPAAAAVGVGALRKKATGVRSWLLLDSTGQAQVVEVGKHAIMRRTGLPARDLRILDPLLSYPSTVLGRERAIVINLEHIKAIITAQEVFLLNSKDPSVIPFVDELQRRILRHHQAVKAQEAGDGENANWTNLYDMEGPQSMPVSPLDSSKNFPNKEEGENADGKEQSVENRDGPKLLPFEFVALEACLEAACSCLDSEARTLEQEAHPALDKLTSKISTLNLERVRQIKSRLVA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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