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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003659

染色体: Chr04 坐标: 53066733-53069765 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003659
名称SmilChr04G003659
描述serine/threonine-protein kinase PCRK2-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向53066733 - 53069765 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020530
GeneID131020530
locus_tag-
NCBI NameLOC131020530
原始查询LOC131020530

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine/threonine-protein kinase PCRK2-like
产物serine/threonine-protein kinase PCRK2-like
ArabidopsisAT5G03320 (AT5G03320)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831876]
identity=64.7; qcov=0.927; evalue=8.79e-174; confidence=high
RiceOs02g0819600 (OsRLCK88)
-
identity=61.6; qcov=0.945; evalue=3.43e-167; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020530

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057805382.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057805382.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805382.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805382.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057805382.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:53066874 CGG C 2bp_deletion frameshift_variant 5 A23,B107,B88,C63,C87
Chr4:53066874 CGG C 2bp_deletion CDS_variant 5 A23,B107,B88,C63,C87
Chr4:53066907 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr4:53066925 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B44,B70,C77,C81
Chr4:53066930 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B48,B60,D7
Chr4:53066934 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A5,B23,B4,B48,B68
Chr4:53066939 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B6
Chr4:53066951 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,B91
Chr4:53066997 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B48,B60,B98
Chr4:53067013 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B137,B17,B44,B77,C65
Chr4:53067043 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr4:53067045 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C28

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805382.1
400 aa
N
1
200
400
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 71-345 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 73-345 aa
XP_057805383.1
400 aa
N
1
200
400
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 71-345 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 73-345 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805382.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 71 345 1.1e-46 160.1 Protein kinase domain
XP_057805382.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 73 345 9.3e-48 163.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057805383.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 71 345 1.1e-46 160.1 Protein kinase domain
XP_057805383.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 73 345 9.3e-48 163.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949400.1
ACTGAAACCAAAAATGAAAACGGTGACTTTCAACTAAAAAAAATTAAATAAAAATATTATGGTGATGTATCTCCTTCAATTTCCCTCTCTCTCTCTCTCAATTCTCACAGAAAAGAAAGTTGAAGAATTACTATTACTCTGAAAAAAAAAAATTAGAACATGAAATTATCCCTCCGTACATAACATGACACCATTCCATTCCATGCTATCTTTCTCCTCCTCTCCTCTTCAAGATTGGATTTTCTTGGTGTAATCGTCAA...
XM_057949399.1
ATTCCATTCCATGCTAGTGAGATTCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACACACACACTATCAGTTTTAAGTTTCGTACATTGACTTCTCTCTTTAAGTCATACAGTCAACACGTTGGATTTATTTCTTGCAACAGTCTTTCTCCTCCTCTCCTCTTCAAGATTGGATTTTCTTGGTGTAATCGTCAAATTTCCGCAACAAAGTCCAGCAAAGAAAAGAGCAATAAATTCTAGGAGGCAATGAGGTGTTTCCATTTCTA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131020530
ATGAGGTGTTTCCATTTCTACATTGGAGAGAGAAAGGAAGAGCCAAAGACCCGAAAGCCTAATCCAGCGCGTCCCTCAGTTACTGGTCGTGAACCGGGGGAATCTGGCCTTGAGTCGAGCGGACACAGCCGGACCCCTAATTTGCACGAGAGACCTAGTAATCTCAAGGTTTTTACCCTCTTGGAGCTTAAGCAAATAACTAGAAATTTTAGCAATAGTGCTAAGCTTGGGGAGGGTGGATTCGGGTGTGTTTTTAAGGG...
LOC131020530
ATGAGGTGTTTCCATTTCTACATTGGAGAGAGAAAGGAAGAGCCAAAGACCCGAAAGCCTAATCCAGCGCGTCCCTCAGTTACTGGTCGTGAACCGGGGGAATCTGGCCTTGAGTCGAGCGGACACAGCCGGACCCCTAATTTGCACGAGAGACCTAGTAATCTCAAGGTTTTTACCCTCTTGGAGCTTAAGCAAATAACTAGAAATTTTAGCAATAGTGCTAAGCTTGGGGAGGGTGGATTCGGGTGTGTTTTTAAGGG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057805382.1
MRCFHFYIGERKEEPKTRKPNPARPSVTGREPGESGLESSGHSRTPNLHERPSNLKVFTLLELKQITRNFSNSAKLGEGGFGCVFKGVIKSSEDPAKKINAAIKQLGKQGQQGHKEWITEVNLLGVVDHPNLVKLIGYCAEDDERGIERLLIYEYMPNGSVFDHLSRSTESLPWATRLRVALDAARGLAYLHEEMDFQIIFRDFKSSNILLDEEWNAKLSDFGLARLGPPEGRTHVSTAVVGTMGYAAPEYVRTGHLTSK...
XP_057805383.1
MRCFHFYIGERKEEPKTRKPNPARPSVTGREPGESGLESSGHSRTPNLHERPSNLKVFTLLELKQITRNFSNSAKLGEGGFGCVFKGVIKSSEDPAKKINAAIKQLGKQGQQGHKEWITEVNLLGVVDHPNLVKLIGYCAEDDERGIERLLIYEYMPNGSVFDHLSRSTESLPWATRLRVALDAARGLAYLHEEMDFQIIFRDFKSSNILLDEEWNAKLSDFGLARLGPPEGRTHVSTAVVGTMGYAAPEYVRTGHLTSK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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