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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003666`

染色体: Chr04 坐标: 53100117-53103302 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003666`
名称	SmilChr04G003666
描述	phenylalanine ammonia-lyase
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	53100117 - 53103302 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020540`
GeneID	`131020540`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020540`
原始查询	`LOC131020540`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	phenylalanine ammonia-lyase
产物	phenylalanine ammonia-lyase
Arabidopsis	`AT2G37040` (PAL1) PHE ammonia lyase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818280] identity=80.7; qcov=0.984; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0518400` (OsPAL07) - identity=76.5; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006559 (L-phenylalanine catabolic process); GO:0016841 (ammonia-lyase activity)
KEGG	smil00360 (Phenylalanine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00940 (Phenylpropanoid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00221 (Lyase_aromatic)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020540

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057805411.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057805411.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057805411.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057805411.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057805411.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:53100503`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B40,B6,B81,C45,C63
`Chr4:53100578`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B127,B33,B57,C1,D5
`Chr4:53100598`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A10,B41,B85,C7,C86
`Chr4:53100600`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B127
`Chr4:53100600`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B127
`Chr4:53100676`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A13,A3
`Chr4:53100853`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A8,C9
`Chr4:53101252`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B25,C50,D2
`Chr4:53101261`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B126,B70,D4
`Chr4:53101273`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B25,C6,D2
`Chr4:53101303`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C50,C6,D2
`Chr4:53101308`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B25,C50,C6,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805411.1

709 aa

354

709

Lyase_aromatic

PF00221 Lyase_aromatic 56-529 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057805411.1`	Pfam	`PF00221`	Lyase_aromatic	Family	56	529	1.9e-152	508.9	Aromatic amino acid lyase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057949428.1
ATGTATACGTACACATCTCTCTGTATCTATAGCCACACCAACATTTCCTCTCTCTATTTAAACCCCCTCTCTCTCCTCCACCAGTTCAAGAAACACACACACACACACACACCAAAAAGAAAAGGAAAGTTGGGAAATTTACAACATCAGCAAACTAATTAATCCTTTTCTTTTGTTGTGTGTGAGCGACTTTCTCTCTCATCTCCGATCACCGCTTTAAACCAATCATTCATTCCGATCATGGCGGCGGAGAACGGGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131020540
ATGGCGGCGGAGAACGGGCACAGCGAGAACGGGTTCTGCGTGAAGCAGAGCGACCCGCTGAACTGGGCGGCGGCGGCGGAGGCGCTGCAGGGGAGCCACCTGGACGCGGTGAAGAGGATGGTGGAGGAGTTCAGGAAGCCGGCGGTGAAGCTCGGCGGCGAGACCCTCACCATAGCCCAGGTGGCGGCGATCGCCTCCCGGGATAATGCGGTGGCGGTGGAGCTGGCGGAGTCCGCCAGGGCCGGCGTCAAGGCCAGCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057805411.1
MAAENGHSENGFCVKQSDPLNWAAAAEALQGSHLDAVKRMVEEFRKPAVKLGGETLTIAQVAAIASRDNAVAVELAESARAGVKASSDWVMDSMSKGTDSYGVTTGFGATSHRRTKQGGALQKELIRFLNAGIFGNGTESNHTLPHSSTRAAMLVRINTLMQGYSGIRFEILEALAKFLNHNVTPCLPLRGTITASGDLVPLSYIAGLLTGRPNSKAVGPAGEPLTAEAAFKLAGVAGGFFELQPKEGLALVNGTAVGSG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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