Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003670

染色体: Chr04 坐标: 53148854-53151775 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003670
名称SmilChr04G003670
描述29 kDa ribonucleoprotein A, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向53148854 - 53151775 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020545
GeneID131020545
locus_tag-
NCBI NameLOC131020545
原始查询LOC131020545

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述29 kDa ribonucleoprotein A, chloroplastic-like
产物29 kDa ribonucleoprotein A%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT2G37220 (AT2G37220)
RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818299]
identity=66.1; qcov=0.912; evalue=4.09e-105; confidence=high
RiceOs07g0631900 (P0519E12.113)
-
identity=71.6; qcov=0.699; evalue=1.33e-97; confidence=high
GOGO:0003729 (mRNA binding); GO:0005829 (cytosol)
KEGG-
PfamPF00076 (RRM_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020545

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057805418.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 1.00000 XP_057805418.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057805418.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805418.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805418.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:53149151 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,B61,B93
Chr4:53149253 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr4:53149336 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,B61,B93
Chr4:53150459 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B106,B62,B85,C49
Chr4:53150566 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr4:53150711 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr4:53150723 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 1 C39
Chr4:53150723 G GA 1bp_insertion CDS_variant 1 C39
Chr4:53150724 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B71,B91
Chr4:53150725 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr4:53150727 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr4:53150740 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 18 B117,B125,B28,B38,B39,B4,B71,B90,B91,B92,C38,C77,C81,C84,C87,D10,D11,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805418.1
314 aa
N
1
157
314
RRM_1
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 90-160 aa PF00076 RRM_1 190-252 aa
XP_057805419.1
272 aa
N
1
136
272
RRM_1
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 90-160 aa PF00076 RRM_1 190-260 aa
XP_057805420.1
272 aa
N
1
136
272
RRM_1
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 90-160 aa PF00076 RRM_1 190-260 aa
XP_057805421.1
272 aa
N
1
136
272
RRM_1
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 90-160 aa PF00076 RRM_1 190-260 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805418.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 90 160 3.5e-38 130.0 RNA recognition motif
XP_057805418.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 190 252 3.5e-38 130.0 RNA recognition motif
XP_057805419.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 90 160 8.4e-41 138.4 RNA recognition motif
XP_057805419.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 190 260 8.4e-41 138.4 RNA recognition motif
XP_057805420.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 90 160 8.4e-41 138.4 RNA recognition motif
XP_057805420.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 190 260 8.4e-41 138.4 RNA recognition motif
XP_057805421.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 90 160 8.4e-41 138.4 RNA recognition motif
XP_057805421.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 190 260 8.4e-41 138.4 RNA recognition motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949436.1
TTCATAGATAAAATATGAAATTTAGTGTCTTACCATTTCCACCCTAAATTTTATCACCACAAGATATCTTACTAGTATTATTTTCTTTTCTTTTCTTTTGTTTTTGACAAGCAAAATATCTGCTTTTCTTCCTCTCTTATATGCTCATTTCCGAAAACAGAAACCTCAGCAAAAACCTTATCTTTACACACACTAACCATGGCTGCTGCTTTGCTCCACTCCCTTTCCCTCTCCTTCGCTCCGCAGACCCTATCCTTCGT...
XM_057949437.1
TATTTTCTTTTCTTTTCTTTTGTTTTTGACAAGCAAAATATCTGCTTTTCTTCCTCTCTTATATGCTCATTTCCGAAAACAGAAACCTCAGCAAAAACCTTATCTTTACACACACTAACCATGGCTGCTGCTTTGCTCCACTCCCTTTCCCTCTCCTTCGCTCCGCAGACCCTATCCTTCGTTGCCGCGTCTTCTATGGCTCCTTCTTCTCTAAAACCCCTCGCAATGCCGAGACACTTTCTCTCTCTCTCTACCATCGG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131020545
ATGGCTGCTGCTTTGCTCCACTCCCTTTCCCTCTCCTTCGCTCCGCAGACCCTATCCTTCGTTGCCGCGTCTTCTATGGCTCCTTCTTCTCTAAAACCCCTCGCAATGCCGAGACACTTTCTCTCTCTCTCTACCATCGGCAGCTACTCCCACCCGGCTTCGAAATTCGTCCGCAACGTCGCGATTTCGTCTGAACTGGGCGAAGAGGTGGAGGAGGAAGAGGATGAAGGGACGTCCCCGCAGCCGAATTTCTCGCCGGA...
LOC131020545
ATGGCTGCTGCTTTGCTCCACTCCCTTTCCCTCTCCTTCGCTCCGCAGACCCTATCCTTCGTTGCCGCGTCTTCTATGGCTCCTTCTTCTCTAAAACCCCTCGCAATGCCGAGACACTTTCTCTCTCTCTCTACCATCGGCAGCTACTCCCACCCGGCTTCGAAATTCGTCCGCAACGTCGCGATTTCGTCTGAACTGGGCGAAGAGGTGGAGGAGGAAGAGGATGAAGGGACGTCCCCGCAGCCGAATTTCTCGCCGGA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057805418.1
MAAALLHSLSLSFAPQTLSFVAASSMAPSSLKPLAMPRHFLSLSTIGSYSHPASKFVRNVAISSELGEEVEEEEDEGTSPQPNFSPELKLFVGNLPFNVDSSRLAGLFEQAGNVEMVEVIYDKTTGRSRGFGFVTMSTVEEVEAAAQQFNGYEFHGRALRVSSGPPPPKDENFSSRGPRGGSSIDNTNRLYVGNLAWGVDNLTLETLFSEQGKVKEATVVYDRDSGRSRGFGFVTYGSAQEVDNAIRSLDGMVSTLFCMY...
XP_057805419.1
MAAALLHSLSLSFAPQTLSFVAASSMAPSSLKPLAMPRHFLSLSTIGSYSHPASKFVRNVAISSELGEEVEEEEDEGTSPQPNFSPELKLFVGNLPFNVDSSRLAGLFEQAGNVEMVEVIYDKTTGRSRGFGFVTMSTVEEVEAAAQQFNGYEFHGRALRVSSGPPPPKDENFSSRGPRGGSSIDNTNRLYVGNLAWGVDNLTLETLFSEQGKVKEATVVYDRDSGRSRGFGFVTYGSAQEVDNAIRSLDGMDLNGRSIR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器