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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003679`

染色体: Chr04 坐标: 53243755-53246436 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003679`
名称	SmilChr04G003679
描述	probable E3 ubiquitin-protein ligase LOG2
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	53243755 - 53246436 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020554`
GeneID	`131020554`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020554`
原始查询	`LOC131020554`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable E3 ubiquitin-protein ligase LOG2
产物	probable E3 ubiquitin-protein ligase LOG2
Arabidopsis	`AT3G09770` (LOG2) RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820135] identity=73; qcov=0.727; evalue=9.02e-133; confidence=high
Rice	`Os03g0254900` - identity=65.8; qcov=0.97; evalue=1.31e-152; confidence=high
GO	GO:0016567 (protein ubiquitination); GO:0061630 (ubiquitin protein ligase activity)
KEGG	-
Pfam	PF13639 (zf-RING_2); PF13920 (zf-C3HC4_3); PF26192 (RNF157-like_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020554

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057805434.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057805434.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057805434.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057805434.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057805434.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:53244230`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C9
`Chr4:53244329`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B72,C39
`Chr4:53244548`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr4:53244656`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B100
`Chr4:53245676`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B4
`Chr4:53245681`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805434.1

362 aa

181

362

RNF157-like_N

zf-C3HC4_3

zf-RING_2

PF26192 RNF157-like_N 130-283 aa PF13920 zf-C3HC4_3 304-350 aa PF13639 zf-RING_2 305-345 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057805434.1`	Pfam	`PF26192`	RNF157-like_N	Domain	130	283	4.7e-72	242.2	RNF157-like N-terminal domain
`XP_057805434.1`	Pfam	`PF13920`	zf-C3HC4_3	Domain	304	350	7.4e-17	61.6	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057805434.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	305	345	2.5e-07	31.6	Ring finger domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057949451.1
ATCGAATTTCCAGTACAAATAAAAATAAATAATTACTCGGCGTCTATTTTTTTGTAACACACATTGGTCATATAATTATCTCTTAATAAAATTATTATTGAAGATGGAAATAAACTGATAGTAGCGTTTTATGTAAGAAAATGGCATGATTCACATGCCACCTATTTGAGGGCGGAGGTGGTGGAGCTTCACGCCACCGCAATCGCCACCACCCCCAACCCCACCCAACCCCCAATTCTCATCTCCATCATTAGATTCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131020554
ATGGGTAACATAAGCAGCACCGGCGTGCACGGCCGGAGAAGGAACTCCACCCGCCGGAGCCACCCGCCGCCGCCGCCGCCGCAGGCTCCGCAGCCGGAGATCACCGCCAACCGCTACGTGTTCGCGGCGGCGACGCCCTACCCCCCGTCGTCGCAGTACCCCAACCCCAACCCCAACGCGCCGCCGCCGTATTACCAGTACCCAGGCTACTACCCGCCGCCGCCACCGGCTGCGATGCCCATGCCCCTCCCGGCGCCGTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057805434.1
MGNISSTGVHGRRRNSTRRSHPPPPPPQAPQPEITANRYVFAAATPYPPSSQYPNPNPNAPPPYYQYPGYYPPPPPAAMPMPLPAPYDHHHHPAAHANWVNGRYPYGPMMQAAAPPYVEHQKAVTIRNDVNLKKETLRIEADEENPGKYLVSFTYDATVAGSITIIFFAKEGEDCCLTPIKESLHPPIKVDFEQGLGQKFKQPSGTGIDLSMFEEGELLKDGDMDIYPLAVKAEASTEGQNGNSDNGSSNSQITQAVFEK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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