Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003687`

染色体: Chr04 坐标: 53277045-53283967 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003687`
名称	SmilChr04G003687
描述	uncharacterized SmilChr04G003687
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	53277045 - 53283967 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020561`
GeneID	`131020561`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020561`
原始查询	`LOC131020561`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020561

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057805444.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057805444.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057805444.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057805444.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057805444.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:53277117`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr4:53277133`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	42	A18,A23,B105,B106,B111,B119,B123,B129,B130,B133,B134,B14,B18,B23,B26,B37,B47,B5,B62,B68,B74,B8,B83,B87,B99,C10,C14,C17,C28,C35,C4,C42,C58,C59,C76,C80,C86,D10,D2,D3,D4,D8
`Chr4:53277148`	`G`	`GC`	1bp_insertion	frameshift_variant	10	A23,B112,B137,B38,B82,B90,B92,C20,C5,C78
`Chr4:53277161`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D8
`Chr4:53277174`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B78,B81,C8
`Chr4:53277185`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	136	A10,A11,A13,A14,A19,A2,A21,A22,A23,A24,A4,A6,A7,A8,A9,B10,B102,B103,B108,B11,B111,B112,B114,B117,B118,B12,B122,B123,B124,B125,B126,B127,B128,B129,B13,B130,B131,B132,B135,B136,B137,B138,B15,B17,B2,B23,B24,B28,B29,B30,B31,B32,B33,B35,B37,B38,B39,B40,B41,B44,B45,B46,B47,B48,B49,B55,B57,B59,B6,B60,B61,B63,B66,B69,B70,B73,B76,B77,B79,B8,B81,B82,B83,B86,B87,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B95,B97,B98,C1,C12,C13,C15,C16,C18,C2,C20,C21,C28,C29,C30,C33,C37,C4,C41,C46,C47,C48,C5,C52,C55,C57,C59,C6,C60,C63,C65,C67,C68,C7,C70,C72,C77,C78,C81,C84,C85,C87,C9,D3,D7
`Chr4:53277190`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B78
`Chr4:53277250`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B4
`Chr4:53277256`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr4:53277303`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B18,C62
`Chr4:53277312`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B73
`Chr4:53277352`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B93,C11,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA

XM_057949464.1
CAGAAAGATTACACTAACAATCTTGTAGTTTTTGCTAGTAATATGCAGGAAAATATACAAGCTTGACAACTATTTGCAGATGCAGAATCTTCTTTGAGGTATTGCCATGTATGTTCTTGTTACTGCTGTTGTATTTTTCAGGGACTTCTTTCCACATTCAAGGGGAAAAAACTGTAAAGCCAGTATTTGATGATTATGAATACATGAAACATATGTTTACTTCAGACATCCCAACAGCATCAGATCAACTCTTCTCGTGC...

XM_057949463.1
AATTCTGGTAACCTAAAGGCATGCCCATTTGCCATGTGCAGAAAGATTACACTAACAATCTTGTAGTTTTTGCTAGTAATATGCAGGAAAATATACAAGCTTGACAACTATTTGCAGATGCAGAATCTTCTTTGAGATACATGAAACATATGTTTACTTCAGACATCCCAACAGCATCAGATCAACTCTTCTCGTGCACATCATGAAACTGCTGCCAAGGCTAACAGGACACAGATCATTGCATGGATTACCCTTCTGGA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA

LOC131020561
ATGAAACTGCTGCCAAGGCTAACAGGACACAGATCATTGCATGGATTACCCTTCTGGACAGGCATTTTGCGCTGGAAGAATCCACAGGAACACTATATGCCGGTGAATCCTTTGGAGCAGCTTTCTTTGGTGGAGGTGGTGATGGAGGCGGTGGTGGCAGAGGCATTTGTGAGATCCTCTGTAGAAATCGACGATCTGAATCAAGCTTCTGCGGCTGATAAGGCATTTGCGAGATCCTCTATAGAAATCGGCGATCTGAA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA

XP_057805444.1
MKLLPRLTGHRSLHGLPFWTGILRWKNPQEHYMPVNPLEQLSLVEVVMEAVVAEAFVRSSVEIDDLNQASAADKAFARSSIEIGDLNHASVADKVFVRSFIEIGAFASEKLVAREFGAVFAREFGSGSDGPPAIYPFLTLPKLALVLISEKKEKCSHLKGNKRGNSILAYLFYKSDIKTILNQEPKLCKTSYFPGYFSAHIFSFAIRGAMSCFRSLGKAGHLDLLQSTFR

XP_057805445.1
MKLLPRLTGHRSLHGLPFWTGILRWKNPQEHYMPVNPLEQLSLVEVVMEAVVAEAFVRSSVEIDDLNQASAADKAFARSSIEIGDLNHASVADKVFVRSFIEIGAFASEKLVAREFGAVFAREFGSGSDGPPAIYPFLTLPKLALVLISEKKEKCSHLKGNKRGNSILAYLFYKSDIKTILNQEPKLCKTSYFPGYFSAHIFSFAIRGAMSCFRSLGKAGHLDLLQSTFR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器