Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001738

染色体: Chr01 坐标: 31981239-31982777 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001738
名称SmilChr01G001738
描述uncharacterized SmilChr01G001738
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向31981239 - 31982777 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020571
GeneID131020571
locus_tag-
NCBI NameLOC131020571
原始查询LOC131020571

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述DUF868 family protein (DUF868) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817323]; symbol=AT2G27770; hit=AT2G27770; species=arabidopsis; confidence=high
产物DUF868 family protein (DUF868) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817323]; symbol=AT2G27770; hit=AT2G27770; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G27770 (AT2G27770)
DUF868 family protein (DUF868) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817323]
identity=52.9; qcov=1.08; evalue=3.69e-106; confidence=high
RiceOs03g0806700
-
identity=41; qcov=1; evalue=1.26e-62; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF05910 (DUF868)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020571

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057805472.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057805472.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805472.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805472.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057805472.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:31982037 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C45,C62
Chr1:31982183 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B38
Chr1:31982282 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B59,B75,C48
Chr1:31982313 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 3 B120,B95,C34
Chr1:31982313 C CT 1bp_insertion CDS_variant 3 B120,B95,C34
Chr1:31982400 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A16,A19,B120,B77,C46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805472.1
299 aa
N
1
150
299
DUF868
C
PF05910 DUF868 34-296 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805472.1 Pfam PF05910 DUF868 Family 34 296 5.1e-82 276.3 Plant protein of unknown function (DUF868)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949489.1
AATTTGTTATTGTCCACACATTCATTAATCCTGCCCTGCCCATCAACCCCACACATTTTCTTCATATATACACACACAATTTAGTTTGTCTTTCCATGTTAAAAATTCCCAGATGATCTGTCACCAAATAAAGAAAGAAACCTTGAAAGTTTCTGTCTCAAATCTCCATTCCTTTTTCGGTATAGAGAGAGTGTGTGTGTGTGTTCAATTGATAGCAGCTTGCAAGAATCATATACGACATATTTAATGAATACTTGCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020571
ATGAGAGACATAACATCGTGTTTGAGCGAATACGCGGTACAGATTTCGGAGACGTCGTGTTCGAGCAATTCCTGCATTTCTCCCAACCTAATCCCTTCGGTCCAAAACGCGGTGACGTGTCTCTACAAAACCACGCTCTCAAATCAGAAGCAGATTCCGGTGACGCTGACGTGGCACCGCAACAGCCTCTCCCAGGGTCTCACCATCTCCTTCGGCGACGACCACTCCGCCGCCGTCAAGCTCACCACCAATTCCCGCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805472.1
MRDITSCLSEYAVQISETSCSSNSCISPNLIPSVQNAVTCLYKTTLSNQKQIPVTLTWHRNSLSQGLTISFGDDHSAAVKLTTNSRLFRKLKGSKTLDFHSTTIEISYDLSAARYEAGPEPVDGYYVFIAVDSELGPILGDINMAPPRLKSSPRIAKFSLVSRQEHFSGNTLYSTKARFHDGGAAHDVVIQCGGESEGLKHPVLSVCIDKKTVIRVKRLQWNFRGNQTIFLDGLLVDLMWDVYDWFCSPGSGSGPGYAVF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器