Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003697`

染色体: Chr04 坐标: 53337963-53340609 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003697`
名称	SmilChr04G003697
描述	L-type lectin-domain containing receptor kinase VIII.1-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	53337963 - 53340609 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020572`
GeneID	`131020572`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020572`
原始查询	`LOC131020572`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	L-type lectin-domain containing receptor kinase VIII.1-like
产物	L-type lectin-domain containing receptor kinase VIII.1-like
Arabidopsis	`AT3G53380` (AT3G53380) Concanavalin A-like lectin protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824506] identity=62.4; qcov=0.962; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0125200` - identity=52.6; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0030246 (carbohydrate binding)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF00139 (Lectin_legB); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020572

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057805469.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057805469.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057805469.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057805469.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057805469.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:53338295`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A18,C36,C83
`Chr4:53338437`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B79
`Chr4:53338452`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A18,B61,C53,C83
`Chr4:53338676`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr4:53338680`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A7,B56,B72,B96
`Chr4:53338755`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr4:53338767`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C7
`Chr4:53338935`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B4
`Chr4:53339058`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A18,B61,C36,C53,C83
`Chr4:53339131`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C45
`Chr4:53339156`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A5,B121,C34,C48,C73
`Chr4:53339297`	`C`	`CCT`	2bp_insertion	frameshift_variant	4	A11,A22,A24,B89

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805469.1

711 aa

356

711

Lectin_legB

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

PF00139 Lectin_legB 28-263 aa PF00069 Pkinase 382-585 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 383-647 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057805469.1`	Pfam	`PF00139`	Lectin_legB	Domain	28	263	4.8e-58	197.3	Legume lectin domain
`XP_057805469.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	382	585	1.5e-47	162.9	Protein kinase domain
`XP_057805469.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	383	647	2.9e-44	152.1	Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057949486.1
AAATGGATTTACGTATTTTTGTTTTTATTATAAAACACATAGGAGAAAACTAAAACCAGCAGCCGCAACTAGAAAACAAGCTACAGCGTGGAACACCAAATTTCCTTTTTATTACCGTTAATTCGACACGTAGCCTTCACCTTCCCTCTCCTTCTTCTATCCTCTCCTCACTTCATACTCGGATTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATCTCTCAATCTTGATTTTATCCCACAACAAATAATTAAACAAAAAAAAAAAATACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131020572
ATGGCGTCATTTCCCGTCGGATTCCCATTGGCCTCCGTCGTTCTACTTCTCTTTCTCTCCGGCGGCGTCGCGACGGCGACGGAATTCGACTTCGGCACGCTGACATTCTCCCGCGTGAAGCTCCTCGGCGAGGCCCACTGGACCAACGGCAGCGTGCGCCTCACTCGCGACCTCGGTGTCCCGAGCTCCGGCGCCGGAAGGCTCATCTACGCCAACCCCATCAGATTCCGGCAGCCGGGGTCGCAGCTCACGGCGAGCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057805469.1
MASFPVGFPLASVVLLLFLSGGVATATEFDFGTLTFSRVKLLGEAHWTNGSVRLTRDLGVPSSGAGRLIYANPIRFRQPGSQLTASFSTFFSFSIHNINPSSIGGGLAFVISPDGDSVGDADGFLGIMTDAGEPSGVVAVEFDTLMDVEFKDINGNHAGLDVNSMVSTRSADLESVGVELTSGDLINSWVDYSGSTRSVKVYVSLSNVKPKEAVISAELDLGELMPSDSVFVGFSGSTQGSTEVHTIEWWSFRSSFEDDP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器