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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003716

染色体: Chr04 坐标: 53449875-53457685 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003716
名称SmilChr04G003716
描述DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向53449875 - 53457685 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020592
GeneID131020592
locus_tag-
NCBI NameLOC131020592
原始查询LOC131020592

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1-like
产物DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1-like
ArabidopsisAT4G35800 (NRPB1)
RNA polymerase II large subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829734]
identity=79.6; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0151000
-
identity=80.9; qcov=0.94; evalue=0; confidence=high
GOGO:0001055 (GO:0001055); GO:0003677 (DNA binding); GO:0005665 (RNA polymerase II, core complex); GO:0006366 (transcription by RNA polymerase II)
KEGGsmil03020 (RNA polymerase - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03420 (Nucleotide excision repair - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00623 (RNA_pol_Rpb1_2); PF04983 (RNA_pol_Rpb1_3); PF04990 (RNA_pol_Rpb1_7); PF04992 (RNA_pol_Rpb1_6); PF04997 (RNA_pol_Rpb1_1); PF04998 (RNA_pol_Rpb1_5); PF05000 (RNA_pol_Rpb1_4); PF05001 (RNA_pol_Rpb1_R)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020592

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057805489.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057805489.1
3 Nucleolar fibrillar center Nucleolar fibrillar center 0.40000 XP_057805489.1
4 Chromatin 染色质 0.20000 XP_057805489.1
5 Nuclear speckle 核斑点 0.20000 XP_057805489.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:53450401 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr4:53450469 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,B48,C80
Chr4:53450475 T TCA 2bp_insertion frameshift_variant 1 C54
Chr4:53450475 T TCA 2bp_insertion CDS_variant 1 C54
Chr4:53450477 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 1 C54
Chr4:53450477 A AG 1bp_insertion CDS_variant 1 C54
Chr4:53450501 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68
Chr4:53450523 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 2 B126,C61
Chr4:53450523 CA C 1bp_deletion CDS_variant 2 B126,C61
Chr4:53450536 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 62 A18,A21,A23,A25,A7,A8,A9,B1,B100,B103,B104,B111,B117,B118,B119,B12,B123,B124,B131,B134,B14,B140,B18,B24,B35,B37,B4,B40,B44,B46,B47,B49,B50,B54,B55,B60,B64,B71,B8,B81,B98,B99,C2,C27,C29,C39,C4,C50,C51,C56,C60,C67,C72,C75,C76,C78,C82,C84,C85,D11,D7,D8
Chr4:53450537 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 2 B36,B82
Chr4:53450537 G GA 1bp_insertion CDS_variant 2 B36,B82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805489.1
1812 aa
N
1
906
1812
RNA_pol_Rpb1_1
RNA_pol_Rpb1_2
RNA_pol_Rpb1_3
RNA_pol_Rpb1_4
RNA_pol_Rpb1_5
RNA_pol_Rpb1_6
RNA_pol_Rpb1_7
RNA_pol_Rpb1_R
RNA_pol_Rpb1_R
RNA_pol_Rpb1_R
RNA_pol_Rpb1_R
RNA_pol_Rpb1_R
RNA_pol_Rpb1_R
RNA_pol_Rpb1_R
RNA_pol_Rpb1_R
RNA_pol_Rpb1_R
RNA_pol_Rpb1_R
RNA_pol_Rpb1_R
C
PF04997 RNA_pol_Rpb1_1 14-350 aa PF00623 RNA_pol_Rpb1_2 352-520 aa PF04983 RNA_pol_Rpb1_3 523-687 aa PF05000 RNA_pol_Rpb1_4 714-816 aa PF04998 RNA_pol_Rpb1_5 823-1412 aa PF04992 RNA_pol_Rpb1_6 889-1073 aa PF04990 RNA_pol_Rpb1_7 1158-1291 aa PF05001 RNA_pol_Rpb1_R 1549-1562 aa PF05001 RNA_pol_Rpb1_R 1563-1576 aa PF05001 RNA_pol_Rpb1_R 1577-1590 aa PF05001 RNA_pol_Rpb1_R 1598-1611 aa PF05001 RNA_pol_Rpb1_R 1612-1625 aa PF05001 RNA_pol_Rpb1_R 1626-1639 aa PF05001 RNA_pol_Rpb1_R 1640-1653 aa PF05001 RNA_pol_Rpb1_R 1654-1667 aa PF05001 RNA_pol_Rpb1_R 1669-1681 aa PF05001 RNA_pol_Rpb1_R 1682-1695 aa PF05001 RNA_pol_Rpb1_R 1696-1709 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805489.1 Pfam PF04997 RNA_pol_Rpb1_1 Domain 14 350 2.4e-114 382.6 RNA polymerase Rpb1, domain 1
XP_057805489.1 Pfam PF00623 RNA_pol_Rpb1_2 Domain 352 520 5.7e-71 238.8 RNA polymerase Rpb1, domain 2
XP_057805489.1 Pfam PF04983 RNA_pol_Rpb1_3 Domain 523 687 2e-52 178.1 RNA polymerase Rpb1, domain 3
XP_057805489.1 Pfam PF05000 RNA_pol_Rpb1_4 Domain 714 816 5.9e-33 113.7 RNA polymerase Rpb1, domain 4
XP_057805489.1 Pfam PF04998 RNA_pol_Rpb1_5 Domain 823 1412 2.7e-103 345.8 RNA polymerase Rpb1, domain 5
XP_057805489.1 Pfam PF04992 RNA_pol_Rpb1_6 Domain 889 1073 2.4e-65 220.7 RNA polymerase Rpb1, domain 6
XP_057805489.1 Pfam PF04990 RNA_pol_Rpb1_7 Domain 1158 1291 2.9e-49 167.3 RNA polymerase Rpb1, domain 7
XP_057805489.1 Pfam PF05001 RNA_pol_Rpb1_R Repeat 1549 1562 2.7e-18 65.8 RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat
XP_057805489.1 Pfam PF05001 RNA_pol_Rpb1_R Repeat 1563 1576 2.7e-18 65.8 RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat
XP_057805489.1 Pfam PF05001 RNA_pol_Rpb1_R Repeat 1577 1590 2.7e-18 65.8 RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat
XP_057805489.1 Pfam PF05001 RNA_pol_Rpb1_R Repeat 1598 1611 2.7e-18 65.8 RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat
XP_057805489.1 Pfam PF05001 RNA_pol_Rpb1_R Repeat 1612 1625 2.7e-18 65.8 RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat
XP_057805489.1 Pfam PF05001 RNA_pol_Rpb1_R Repeat 1626 1639 2.7e-18 65.8 RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat
XP_057805489.1 Pfam PF05001 RNA_pol_Rpb1_R Repeat 1640 1653 2.7e-18 65.8 RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat
XP_057805489.1 Pfam PF05001 RNA_pol_Rpb1_R Repeat 1654 1667 2.7e-18 65.8 RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat
XP_057805489.1 Pfam PF05001 RNA_pol_Rpb1_R Repeat 1669 1681 2.7e-18 65.8 RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat
XP_057805489.1 Pfam PF05001 RNA_pol_Rpb1_R Repeat 1682 1695 2.7e-18 65.8 RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat
XP_057805489.1 Pfam PF05001 RNA_pol_Rpb1_R Repeat 1696 1709 2.7e-18 65.8 RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949506.1
TGGTCTCAAAACCGCCACCTTCTGAGACGAGCGCAGCGCGAAATAAGTTTCTTTCAAATCCCAAAAAATTAATTACTCAACAGAAATCAACAATAATTTGAAGTACTGAAAAACCATAATTTGTTTTTAATTTTGAAATTATTACTAGCATCATAAATCATAATCGAAAACCTAGGGTACAATTTCCGGTGTCGCAATGGATCTGCGGTTCCCCTTCTCGCCGGCAGAGGTTGCGAAGGTCTGCGTCGTCCAATTCGGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020592
ATGGATCTGCGGTTCCCCTTCTCGCCGGCAGAGGTTGCGAAGGTCTGCGTCGTCCAATTCGGCATACTAAGCCCCGATGAGATCAGACAAATGTCAGTTGTGCATATAGAGCACAGCGAGACGATGGAAAGAGGCAAGCCGAAGATCGGTGGTTTGAGCGACCCGCGTCTGGGGACGATTGATCGGAAGATGAAGTGCGAGACTTGTATGGCGAACATGGCTGATTGCCCCGGTCACTTCGGTCACCTTGAGCTCGCCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805489.1
MDLRFPFSPAEVAKVCVVQFGILSPDEIRQMSVVHIEHSETMERGKPKIGGLSDPRLGTIDRKMKCETCMANMADCPGHFGHLELAKPMFHVGFMKTVLSILRSVCFNCSKILADEEETKFKQAMRIRNPKNRLKKILDACKNKSKCEGGDEIDVRGQDSEEPVKKSRGGCGAQQPKISIDGMKMVAEYKIEKKKSNDQDQMPEPVERKQLLSAEKVLSILKRITDENCQLLGLNPKYARPDWMILQVLPIPPPPVRPSV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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