Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003730`

染色体: Chr04 坐标: 53621881-53625532 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003730`
名称	SmilChr04G003730
描述	probable mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM21
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	53621881 - 53625532 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020606`
GeneID	`131020606`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020606`
原始查询	`LOC131020606`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM21
产物	probable mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM21
Arabidopsis	`AT4G00026` (SD3) import inner membrane translocase subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3770411] identity=53.7; qcov=0.975; evalue=7.52e-91; confidence=high
Rice	`Os03g0253800` - identity=70.7; qcov=0.664; evalue=4.95e-97; confidence=high
GO	GO:0005744 (TIM23 mitochondrial import inner membrane translocase complex); GO:0030150 (protein import into mitochondrial matrix)
KEGG	-
Pfam	PF08294 (TIM21)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020606

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057805509.1`
2	Mitochondrion membrane	线粒体膜	1.00000	`XP_057805509.1`
3	Mitochondrion inner membrane	线粒体内膜	1.00000	`XP_057805509.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057805509.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057805509.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:53622292`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B22
`Chr4:53622365`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B2,B33,B40,B73,C25
`Chr4:53622366`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr4:53622380`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A20,C6
`Chr4:53623432`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A20
`Chr4:53623453`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A20
`Chr4:53623482`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A20
`Chr4:53623494`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A20
`Chr4:53623509`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A20
`Chr4:53623825`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A20
`Chr4:53623877`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C5
`Chr4:53623919`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805509.1

277 aa

138

277

TIM21

PF08294 TIM21 136-261 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057805509.1`	Pfam	`PF08294`	TIM21	Domain	136	261	2.6e-23	83.2	TIM21

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057949526.1
AGTGTCACGTGCAGAAACCAAAACCCCAACCCTCTGTATTTTACCGTCGTCTCTCTTCCTTTCAACCCTATTCCTAGTTTGAGTTTCTCTGATTTCTCAATTCTTTTATTTTACTCTTTTTTTGAGATTTCTCGTTCAGAAAATAATCAAATTCACTAACCTAAACACATACGAAATTCTGTGGCAAAAGAAATTATCAAAGGTTAAGAATATTCGAAGCTATGTACAGTGGTGGGTTTGGAATGAAGAATAAACTGTCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131020606
ATGTACAGTGGTGGGTTTGGAATGAAGAATAAACTGTCGAATGTTTTGAGATCATCATGCAACGGGCTGAAACGTAGGCATCCTATTGCTGTATCTGATGTGGCTTCCGCTCAATATTCATCGTTGGCGACAGAAAGATCATTGGTGACTCGTCCTATTGGTGGGAACTCTATCCTATGCAGATGTGAGTGGGCCAGGAAACATGCTCTGGTTTATCGATCAGCATTTCAACTTTCCGCGAGTTCTGGACAGCATATAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057805509.1
MYSGGFGMKNKLSNVLRSSCNGLKRRHPIAVSDVASAQYSSLATERSLVTRPIGGNSILCRCEWARKHALVYRSAFQLSASSGQHISRSCYARTFASQPTESNKSKGSQTQKEISNVEDPFDSPTYNIPEKPVTFTEGASYGLIILAGLGIAGAAAYGVCKELIFEPKEYKIFNKALERVQNDSQVRVRIGSPVTGYGSESRNRAARQRVPHRIWTDDDGTEHVLVNFFIRGPHGAGKVMSEMFKDKVDKEWKFMYLIVE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器