Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003742`

染色体: Chr04 坐标: 53719059-53722018 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003742`
名称	SmilChr04G003742
描述	F-box protein At5g51370-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	53719059 - 53722018 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020621`
GeneID	`131020621`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020621`
原始查询	`LOC131020621`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	F-box protein At5g51370-like
产物	F-box protein At5g51370-like
Arabidopsis	`AT5G07670` (AT5G07670) RNI-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830660] identity=53.9; qcov=0.845; evalue=1.92e-149; confidence=high
Rice	`Os02g0658500` (Os_F0751) - identity=45; qcov=0.687; evalue=5.83e-86; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0019005 (SCF ubiquitin ligase complex); GO:0031146 (SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020621

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057805530.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057805530.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057805530.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057805530.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057805530.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:53719540`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:53719699`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr4:53719709`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A2,B107,B94,C80,D2
`Chr4:53720550`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C11
`Chr4:53720550`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C11
`Chr4:53720564`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:53720788`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B34
`Chr4:53720788`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B34
`Chr4:53720794`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B34
`Chr4:53720846`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B128
`Chr4:53720849`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A18,B41
`Chr4:53720852`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057949549.1
AAAAATTTAACTCTTCAATTTCCTCAGAAGAGAGCAACAAAGAACTAAGAAAGAGAAGTCAAGAGCTCAGCTTCACACACGCACACACGCACCAGCACAAGCGCAAAGCACACTCGCCTATACATACACGGATATGTATGTAAATCCGGCCGCATAGGCTGCTGCATAGCAACGACGTCGTCGGAGTAACCATAATTTCAGCTGATTTACCGGCGATGCGCTTCAATTTTGGCGGCGCCGAAACCCTAACTCTTGAAAAT...

XM_057949547.1
AAAAATTTAACTCTTCAATTTCCTCAGAAGAGAGCAACAAAGAACTAAGAAAGAGAAGTCAAGAGCTCAGCTTCACACACGCACACACGCACCAGCACAAGCGCAAAGCACACTCGCCTATACATACACGGATATGTATGTAAATCCGGCCGCATAGGCTGCTGCATAGCAACGACGTCGTCGGAGTAACCATAATTTCAGCTGATTTACCGGCGATGCGCTTCAATTTTGGCGGCGCCGAAACCCTAACTCTTGAAAAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131020621
ATGTCATCCTCACCTCGAAAAGACCCAATCTTTAACCCTAATTCCGGCCCCGGCAACAAGATGCACGACCCGCATCCCAACATTCGGGTTGACCCGGACGAGGCATTGAAACATGCCCTCCTCAAATTGCGCCCGCGCCCCGTTTCGCAATCCGGGTCCACCTCGCCTTACTCCGGGTCCGAACCCGACTCCGACGCGTCAAACCCTAACCCACTCCCCGCCGCCGCCGACTGCACCGCTTTGCTGTCGGATGAGCTGTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057805530.1
MSSSPRKDPIFNPNSGPGNKMHDPHPNIRVDPDEALKHALLKLRPRPVSQSGSTSPYSGSEPDSDASNPNPLPAAADCTALLSDELLLKVLDKILDRKQHITNSLVCRRWCVLCGKLVKCIRLIDWEFLESGRLSFRFPNLEDVNLVPACVKSARNSGILLSNKLIEVRLSSGVLENGEGLFIRKGDVFESKAIDGGVAILAEGCKNLRRVVLMNVTEEGLNCLAKECELLQEMELHNCGDLALRGIYNCKNLQILKLNG...

XP_057805532.1
MSSSPRKDPIFNPNSGPGNKMHDPHPNIRVDPDEALKHALLKLRPRPVSQSGSTSPYSGSEPDSDASNPNPLPAAADCTALLSDELLLKVLDKILDRKQHITNSLVCRRWCVLCGKLVKCIRLIDWEFLESGRLSFRFPNLEDVNLVPACVKSARNSGILLSNKLIEVRLSSGVLENGEGLFIRKGDVFESKAIDGGVAILAEGCKNLRRVVLMNVTEEGLNCLAKECELLQEMELHNCGDLALRGIYNCKNLQILKLNG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器