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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003759

染色体: Chr04 坐标: 53850327-53853645 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003759
名称SmilChr04G003759
描述uncharacterized SmilChr04G003759
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向53850327 - 53853645 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020632
GeneID131020632
locus_tag-
NCBI NameLOC131020632
原始查询LOC131020632

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0134050; species=rice; confidence=high
产物hit=Os06g0134050; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT2G45330 (emb1067)
RNA 2'-phosphotransferase, Tpt1 / KptA family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819141]
identity=72.5; qcov=0.797; evalue=5.66e-111; confidence=high
RiceOs06g0134050
-
identity=72.9; qcov=0.82; evalue=2.07e-116; confidence=high
GOGO:0000215 (tRNA 2'-phosphotransferase activity); GO:0006388 (tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation)
KEGG-
PfamPF01885 (PTS_2-RNA)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020632

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057805549.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057805552.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.60000 XP_057805552.1
4 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057805552.1
5 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.40000 XP_057805552.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:53850953 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B93,D3
Chr4:53850989 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B35,B5,B75
Chr4:53851006 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B10,B124,B66,C45,C70
Chr4:53851100 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B74,B75,C53,D11
Chr4:53851331 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr4:53851884 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B52,B54,B69
Chr4:53852003 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:53852840 GAT G 2bp_deletion frameshift_variant 16 A4,B102,B117,B125,B131,B132,B135,B4,B55,B63,B72,B73,B8,B98,C21,C32
Chr4:53852855 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:53852878 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C34
Chr4:53852881 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B49,C60,C79,D2
Chr4:53853352 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B117,B56,B80,B96

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805549.1
299 aa
N
1
150
299
PTS_2-RNA
C
PF01885 PTS_2-RNA 96-275 aa
XP_057805551.1
298 aa
N
1
149
298
PTS_2-RNA
C
PF01885 PTS_2-RNA 95-274 aa
XP_057805552.1
257 aa
N
1
128
257
PTS_2-RNA
C
PF01885 PTS_2-RNA 54-233 aa
XP_057805553.1
257 aa
N
1
128
257
PTS_2-RNA
C
PF01885 PTS_2-RNA 54-233 aa
XP_057805554.1
256 aa
N
1
128
256
PTS_2-RNA
C
PF01885 PTS_2-RNA 53-232 aa
XP_057805555.1
256 aa
N
1
128
256
PTS_2-RNA
C
PF01885 PTS_2-RNA 53-232 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805549.1 Pfam PF01885 PTS_2-RNA Family 96 275 2.6e-57 194.4 RNA 2'-phosphotransferase, Tpt1 / KptA family
XP_057805551.1 Pfam PF01885 PTS_2-RNA Family 95 274 2.6e-57 194.4 RNA 2'-phosphotransferase, Tpt1 / KptA family
XP_057805552.1 Pfam PF01885 PTS_2-RNA Family 54 233 1.7e-57 195.0 RNA 2'-phosphotransferase, Tpt1 / KptA family
XP_057805553.1 Pfam PF01885 PTS_2-RNA Family 54 233 1.7e-57 195.0 RNA 2'-phosphotransferase, Tpt1 / KptA family
XP_057805554.1 Pfam PF01885 PTS_2-RNA Family 53 232 1.7e-57 195.0 RNA 2'-phosphotransferase, Tpt1 / KptA family
XP_057805555.1 Pfam PF01885 PTS_2-RNA Family 53 232 1.7e-57 195.0 RNA 2'-phosphotransferase, Tpt1 / KptA family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949569.1
AATTCAGTATTAAGAAAATAAAACCGCCCTATTGTAAATTTTCGATGTAAATTCGATTGCATTTACTCCCAATTTAAACGTAATATATTGTTCAATTTAATCGTAATAACCCTAAAAAAACAATTTACCGTAATAAAGATTAACGTCTTCCAATTGAAAAGAAAATAAAAACTTTGATATGTATATTTACAATAACCTTCAACCTTTTTGTCGTTGCAAAATTATTCCTTTTATTCTTTAATCTCTTTGTTAAATACTCA...
XM_057949570.1
AAGAAAATAAAACCGCCCTATTGTAAATTTTCGATGTAAATTCGATTGCATTTACTCCCAATTTAAACGTAATATATTGTTCAATTTAATCGTAATAACCCTAAAAAAACAATTTACCGTAATAAAGATTAACGTCTTCCAATTGAAAAGAAAATAAAAACTTTGATATGTATATTTACAATAACCTTCAACCTTTTTGTCGTTGCAAAATTATTCCTTTTATTCTTTAATCTCTTTGTTAAATACTCAAAAACCCTCAG...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131020632
ATGCTCGAGTTGGGTTGTATGATTACTAAACGAGCTTTTTTCGAGTCGAGCTCAAGCTACCGCGAGCTTAAGAATACTGATGCTCGTTCTTGGTTGCGAAGTTTCAGATTCCAACACCCAAGATTGATGGAAAGTCATCGTAATCCAGCTGGAAACCCCACTTTTGTTACCTCGGCTCGTTCTAATACAAGTAGTGGAGGCAGAGGTAAAAGAATCGAGACGAAAGATAACCGCCAAAGATCAAGAGGGAATTGCAGCAG...
LOC131020632
ATGCTCGAGTTGGGTTGTATGATTACTAAACGAGCTTTTTTCGAGTCGAGCTCAAGCTACCGCGAGCTTAAGAATACTGATGCTCGTTCTTGGTTGCGAAGTTTCAGATTCCAACACCCAAGATTGATGGAAAGTCATCGTAATCCAGCTGGAAACCCCACTTTTGTTACCTCGGCTCGTTCTAATACAAGTGGAGGCAGAGGTAAAAGAATCGAGACGAAAGATAACCGCCAAAGATCAAGAGGGAATTGCAGCAGCTC...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057805549.1
MLELGCMITKRAFFESSSSYRELKNTDARSWLRSFRFQHPRLMESHRNPAGNPTFVTSARSNTSSGGRGKRIETKDNRQRSRGNCSSSSGNDKINALGRLLTRILRHKAAELNLDMRNDGYVKVQDLLKLNLKTMANIPLQSHTVEDIREAVRQDNKQRFSLLEENGELLLRANQGHSIAIVETESLLKPILSPEEVAVCVHGTYKRSLEPILREGLKRMQRLHVHFSSGLPRDAQVVSGMRRDVDMLIFLDVRKALEEG...
XP_057805551.1
MLELGCMITKRAFFESSSSYRELKNTDARSWLRSFRFQHPRLMESHRNPAGNPTFVTSARSNTSGGRGKRIETKDNRQRSRGNCSSSSGNDKINALGRLLTRILRHKAAELNLDMRNDGYVKVQDLLKLNLKTMANIPLQSHTVEDIREAVRQDNKQRFSLLEENGELLLRANQGHSIAIVETESLLKPILSPEEVAVCVHGTYKRSLEPILREGLKRMQRLHVHFSSGLPRDAQVVSGMRRDVDMLIFLDVRKALEEGM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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