Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003888`

染色体: Chr04 坐标: 54692658-54703432 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003888`
名称	SmilChr04G003888
描述	C-terminal binding protein AN
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	54692658 - 54703432 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020658`
GeneID	`131020658`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020658`
原始查询	`LOC131020658`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	C-terminal binding protein AN
产物	C-terminal binding protein AN
Arabidopsis	`AT1G01510` (AN) NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839401] identity=69; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os10g0533000` - identity=62.1; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000226 (microtubule cytoskeleton organization); GO:0051287 (NAD binding)
KEGG	-
Pfam	PF02826 (2-Hacid_dh_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020658

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057805609.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057805609.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057805609.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057805609.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057805609.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:54700535`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr4:54700606`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B85
`Chr4:54700951`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B59,C83
`Chr4:54700985`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A18,C47,D10
`Chr4:54701530`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B72
`Chr4:54701733`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C76
`Chr4:54702758`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B136,B67,C71
`Chr4:54703026`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:54703029`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A24,B81,C46
`Chr4:54703031`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B55,C39,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805609.1

629 aa

314

629

2-Hacid_dh_C

PF02826 2-Hacid_dh_C 119-302 aa

XP_057805610.1

629 aa

314

629

2-Hacid_dh_C

PF02826 2-Hacid_dh_C 119-302 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057805609.1`	Pfam	`PF02826`	2-Hacid_dh_C	Domain	119	302	1.2e-27	97.1	D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain
`XP_057805610.1`	Pfam	`PF02826`	2-Hacid_dh_C	Domain	119	302	1.2e-27	97.1	D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057949627.1
CTCCCATTTTCACTTTCGTCGTCCAAAACAACTGGAAAGAAACAGCTCTTCTATAAATACCTCTAACTGCTCATTTCCAAAAAAAATTCAAAAAAAATATCTGAAGCAGTGCGTGCGCTTCCGCCTTCTTCACGCATAGCAGGAAGAATTACGCCTCCTACTGCGAGATTTCTGAACCAGATTTACTGCTTGTGTGTTTGTGAGTGAGAGAGAGGGGGGGAGAGAGAGATCTCCGGCAGCAATGCCTCAAAGCGGCGGCG...

XM_057949626.1
GTAAAAGTGAAAATTCACGCAGATGGAGTGATAGTAGAAAGATAGCAGAGTAGGGTCTCTCCCATTTTCACTTTCGTCGTCCAAAACAACTGGAAAGAAACAGCTCTTCTATAAATACCTCTAACTGCTCATTTCCAAAAAAAATTCAAAAAAAATATCTGAAGCAGTGCGTGCGCTTCCGCCTTCTTCACGCATAGCAGGAAGAATTACGCCTCCTACTGCGAGATTTCTGAACCAGATTTACTGCTTGTGTGTTTGTG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131020658
ATGCCTCAAAGCGGCGGCGGCGGGGGCCAATCGCAGCCGCTTCCACTAGTGGTGACGCTCAATTGCATCGAGGACACGGTTCTGGAGGAGGAATGCCTCAGCGGCGTGGCGGAGGTGGAGCACGTGTCGCTCAGCCGGCTGGCGGAGTCGCGGATCGAATCGGCGGCGGCGGTGCTCATCCACTCGCTCTCGTTCCTGCCGCGCGCCGCGCAGCGCCGGCTCCGGCCGTGGCAGCTGATTCTGTGCCTCGGATCGTCCGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057805609.1
MPQSGGGGGQSQPLPLVVTLNCIEDTVLEEECLSGVAEVEHVSLSRLAESRIESAAAVLIHSLSFLPRAAQRRLRPWQLILCLGSSDRAVDSALAAELGLNRLIHVDVSRAEEVADTVMALILGLLRRTHLLSRHALSASGWLGSVQPLCRGMRRCRGLVLGIVGRSASATSLANRSLAFKMSVLYFDVQEGIGKVSRSSLRFPAAARRMDTLNDLLAASDLISLHCALTNDTIQIINAECLQHIKPGAFLVNTGSSQLL...

XP_057805610.1
MPQSGGGGGQSQPLPLVVTLNCIEDTVLEEECLSGVAEVEHVSLSRLAESRIESAAAVLIHSLSFLPRAAQRRLRPWQLILCLGSSDRAVDSALAAELGLNRLIHVDVSRAEEVADTVMALILGLLRRTHLLSRHALSASGWLGSVQPLCRGMRRCRGLVLGIVGRSASATSLANRSLAFKMSVLYFDVQEGIGKVSRSSLRFPAAARRMDTLNDLLAASDLISLHCALTNDTIQIINAECLQHIKPGAFLVNTGSSQLL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器