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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003830

染色体: Chr04 坐标: 54374747-54377034 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003830
名称SmilChr04G003830
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g15010, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向54374747 - 54377034 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020661
GeneID131020661
locus_tag-
NCBI NameLOC131020661
原始查询LOC131020661

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g15010, mitochondrial
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At5g15010%2C mitochondrial
ArabidopsisAT5G15010 (AT5G15010)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831353]
identity=52.4; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0816000
-
identity=51.9; qcov=0.774; evalue=1.64e-161; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020661

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057805613.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.40000 XP_057805613.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057805613.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805613.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805613.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:54375036 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B28,B67,B7,D11
Chr4:54375154 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A11
Chr4:54375300 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B28,B7
Chr4:54375358 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,B63,B64,C67,C82
Chr4:54375399 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B124
Chr4:54375414 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:54375425 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B113,B23,B25,B28,C51
Chr4:54375439 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C46,C82
Chr4:54375446 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B65,B81,C71
Chr4:54375490 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B108,B2,B55,C23,C8
Chr4:54375560 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B76,C27
Chr4:54375561 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805613.1
570 aa
N
1
285
570
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR_long
TPR_24
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
C
PF01535 PPR 154-179 aa PF13041 PPR_2 253-302 aa PF13812 PPR_3 277-334 aa PF17177 PPR_long 280-405 aa PF23276 TPR_24 281-385 aa PF13041 PPR_2 289-337 aa PF01535 PPR 291-321 aa PF01535 PPR 327-356 aa PF13041 PPR_2 327-372 aa PF13812 PPR_3 346-404 aa PF12854 PPR_1 355-387 aa PF13041 PPR_2 358-404 aa PF01535 PPR 361-391 aa PF13812 PPR_3 383-435 aa PF01535 PPR 429-458 aa PF13041 PPR_2 433-472 aa PF13812 PPR_3 449-495 aa PF01535 PPR 464-492 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805613.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 154 179 7.7e-36 120.6 PPR repeat
XP_057805613.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 253 302 2.7e-54 181.8 PPR repeat family
XP_057805613.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 277 334 5.3e-32 110.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057805613.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 280 405 1.1e-19 71.3 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057805613.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 281 385 5e-18 66.0 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057805613.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 289 337 2.7e-54 181.8 PPR repeat family
XP_057805613.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 291 321 7.7e-36 120.6 PPR repeat
XP_057805613.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 327 356 7.7e-36 120.6 PPR repeat
XP_057805613.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 327 372 2.7e-54 181.8 PPR repeat family
XP_057805613.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 346 404 5.3e-32 110.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057805613.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 355 387 2.9e-36 123.6 PPR repeat
XP_057805613.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 358 404 2.7e-54 181.8 PPR repeat family
XP_057805613.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 361 391 7.7e-36 120.6 PPR repeat
XP_057805613.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 383 435 5.3e-32 110.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057805613.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 429 458 7.7e-36 120.6 PPR repeat
XP_057805613.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 433 472 2.7e-54 181.8 PPR repeat family
XP_057805613.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 449 495 5.3e-32 110.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057805613.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 464 492 7.7e-36 120.6 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949630.1
ATTATTCTCATTTTTTATTTATTGAAATAATTAAAATATTAAATTCTCATAATTAACTTCCACAGTTCCACTATCACCAATATTCCTATATAGGGAATCTCTTCCTATATTGCCGAGAAGTCCCAACAGAAAACTTGATAAACTACTGTGCAAGGAACTCGCCTGCCTATTTCACAAGGCTTTTTCACTCAGTCATTTTCTCAAACACCTGTGATCACTGATTCAGTTTTAGGAGAATTCATGCGAGAGAGAGAAGTCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020661
ATGTCGCGGAATCTGAGAAGAACGATACCTGCACTGCTCCTCGCGCTCCGCGGTAATCTCCATTTCAATCGGATACCGCCGCATACCAAACCAGAGCGCCGCCCTCTGCACTTTCTATCTCGATATCCTATTGTTAGCAGGCCACCAGTTTCTGCGGCTTTCACTTCCTCAATCCACAGTGAAGGAGACTGCCGCAGCGGATCGGAGCATGAATCAGAGAGCGATTGTGAAGTAATCGCAAGCGATCCGGATTCCTCGCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805613.1
MSRNLRRTIPALLLALRGNLHFNRIPPHTKPERRPLHFLSRYPIVSRPPVSAAFTSSIHSEGDCRSGSEHESESDCEVIASDPDSSRDFAAVVDILRTPGAQEKSAKLEGCGVNVTPGLVASVLSSVRNDWEAAFTFFLWAGKRPGYEHSRREYHSMIAILGKFRKFDTAWALIDDMRAASLVTTMTILIMIRKYAAVHDVAKAISAFYGLRRFKLEIGVDEFQGLLSALCRYKNVKDAEDLLFCNKAAYPLNTKSFNII...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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