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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001747

染色体: Chr01 坐标: 32188200-32190770 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001747
名称SmilChr01G001747
描述protein FATTY ACID EXPORT 1, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向32188200 - 32190770 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020683
GeneID131020683
locus_tag-
NCBI NameLOC131020683
原始查询LOC131020683

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein FATTY ACID EXPORT 1, chloroplastic-like
产物protein FATTY ACID EXPORT 1%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT3G57280 (AT3G57280)
Transmembrane proteins 14C [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824895]
identity=50.2; qcov=1.01; evalue=3.24e-71; confidence=high
RiceOs04g0470300
-
identity=47.2; qcov=0.779; evalue=6.03e-46; confidence=medium
GOGO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF03647 (Tmemb_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020683

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057805648.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 1.00000 XP_057805648.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057805648.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805648.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805648.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:32189183 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr1:32189573 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr1:32189614 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B126,B26,B99,C15
Chr1:32190523 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,A8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805648.1
231 aa
N
1
116
231
Tmemb_14
C
PF03647 Tmemb_14 110-207 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805648.1 Pfam PF03647 Tmemb_14 Family 110 207 1.5e-13 51.9 Transmembrane proteins 14C

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949665.1
GACGCTAAGGTTAGGGGGAAATATAAAACTCTGTAGGGCTTCAATAGTAGCCCACTTCAAGCCAATTAAAACCAGCCCATAAAACATTACTCAACATTTTAAAAAGATGCAAATAAATAAAGGCAAAAATCTAACTATTTTCAACTATCGAATCGGTTATTGATTTTGTACGAATTTCGATTTCGATAATCGAAAATTTCCGAATTGTTCAACAACCCTCACTCAAAGCATTTCTGCTCACTTTTTTCTATTATTCAACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020683
ATGTCTTCGGCGATTTCTCAGCTCTCATGCTTCTCCGCCGTAGTTGACACCCGCCGTTTGCAGCTCCACCAGAGATCCCGTCTCTGCCCCACGAAATTTCGTCCCGGAAAGGTTTTAAATGTTATGAACGGTGATGGACATGGCTCAAAATTATCCCAATTAGAGAATAAAACTCTAAGTTATGTAGAGGATGCATCAGCATCCTATAATGGAAGCTCGGCGCAGCCGCATTCTGCTGCAGAAAGTTTTGTTGCTGGAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805648.1
MSSAISQLSCFSAVVDTRRLQLHQRSRLCPTKFRPGKVLNVMNGDGHGSKLSQLENKTLSYVEDASASYNGSSAQPHSAAESFVAGAATNEQESIISAPKRAAMIHDFCFGIPFGGLVFSGGLVGFLVSKNPRTLMSGVLYGGAILALSTLSLKVWRQGKPSFPFILGQAVLSLALLFKHSRAYTLTNKLFPTAFNVVMSAAMLCFYAYVMISGGNPPPKKLKPTAAVESS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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