当前解析结果
SmilChr04G003807| 统一新 Gene ID | SmilChr04G003807 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G003807 |
| 描述 | ATPase GET3A-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 54243606 - 54248181 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131020688 |
|---|---|
| GeneID | 131020688 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131020688 |
| 原始查询 | LOC131020688 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | ATPase GET3A-like |
| 产物 | ATPase GET3A-like |
| Arabidopsis | AT1G01910 (AT1G01910)P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839305] identity=77.4; qcov=0.975; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os09g0521500- identity=79.3; qcov=0.997; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005524 (ATP binding); GO:0006620 (post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0043529 (GET complex) |
| KEGG | smil03060 (Protein export - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF01656 (CbiA); PF02374 (ArsA_ATPase); PF13614 (AAA_31) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131020688 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057805656.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057805656.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057805656.1 |
| 4 | Nucleoplasm | 核质 | 0.20000 | XP_057805656.1 |
| 5 | Midbody | Midbody | 0.20000 | XP_057805656.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:54244068 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B117 |
Chr4:54244388 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B44,B64,B69 |
Chr4:54245115 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B32,B82,B86,C67,C86 |
Chr4:54245965 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B97 |
Chr4:54245999 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B40,C11,C27,C69,D4 |
Chr4:54247636 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A8,B112,B68 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057805656.1PF02374
ArsA_ATPase 22-314 aa
PF01656
CbiA 24-263 aa
PF13614
AAA_31 28-148 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057805656.1 |
Pfam | PF02374 |
ArsA_ATPase | Domain | 22 | 314 | 2.6e-104 | 349.4 | Anion-transporting ATPase |
XP_057805656.1 |
Pfam | PF01656 |
CbiA | Domain | 24 | 263 | 1e-08 | 35.9 | CobQ/CobB/MinD/ParA nucleotide binding domain |
XP_057805656.1 |
Pfam | PF13614 |
AAA_31 | Domain | 28 | 148 | 2.7e-09 | 37.9 | AAA domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。