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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003863`

染色体: Chr04 坐标: 54558485-54562023 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003863`
名称	SmilChr04G003863
描述	zinc finger CCCH domain-containing protein 56-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	54558485 - 54562023 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020689`
GeneID	`131020689`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020689`
原始查询	`LOC131020689`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	zinc finger CCCH domain-containing protein 56-like
产物	zinc finger CCCH domain-containing protein 56-like
Arabidopsis	`AT1G32360` (AT1G32360) Zinc finger (CCCH-type) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840128] identity=52; qcov=1.15; evalue=2.07e-117; confidence=high
Rice	`Os08g0159800` (OsC3H56) - identity=53.2; qcov=1.07; evalue=1.08e-117; confidence=high
GO	GO:0003729 (mRNA binding); GO:0046872 (metal ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00642 (zf-CCCH); PF14608 (zf-CCCH_2); PF18044 (zf-CCCH_4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020689

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057805657.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057805657.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057805657.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057805657.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057805657.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:54559410`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr4:54559412`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	B30,B54,C60
`Chr4:54559412`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B30,B54,C60
`Chr4:54559597`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A2,B4
`Chr4:54559690`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B33,B48
`Chr4:54560047`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C16,C45,C79
`Chr4:54560071`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B137,B37,C49
`Chr4:54561605`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:54561611`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B6,C63,C82
`Chr4:54561612`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805657.1

348 aa

174

348

zf-CCCH

zf-CCCH_2

zf-CCCH_4

zf-CCCH_2

zf-CCCH

zf-CCCH_2

PF00642 zf-CCCH 103-127 aa PF14608 zf-CCCH_2 109-126 aa PF18044 zf-CCCH_4 177-199 aa PF14608 zf-CCCH_2 179-198 aa PF00642 zf-CCCH 235-260 aa PF14608 zf-CCCH_2 239-260 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057805657.1`	Pfam	`PF00642`	zf-CCCH	Family	103	127	6e-22	77.7	Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar)
`XP_057805657.1`	Pfam	`PF14608`	zf-CCCH_2	Domain	109	126	4.2e-06	27.8	RNA-binding, Nab2-type zinc finger
`XP_057805657.1`	Pfam	`PF18044`	zf-CCCH_4	Domain	177	199	3.3e-12	46.6	CCCH-type zinc finger
`XP_057805657.1`	Pfam	`PF14608`	zf-CCCH_2	Domain	179	198	4.2e-06	27.8	RNA-binding, Nab2-type zinc finger
`XP_057805657.1`	Pfam	`PF00642`	zf-CCCH	Family	235	260	6e-22	77.7	Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar)
`XP_057805657.1`	Pfam	`PF14608`	zf-CCCH_2	Domain	239	260	4.2e-06	27.8	RNA-binding, Nab2-type zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057949674.1
TAATTAATGTACCACAATAGCAGTAAAAAAGTGAATGATTTGCAACTGCTGCAGCTAAAAGTAGATTAGATAGGCAGCGTTTGGCTCAAGGCACATCCATCCTCTCCATACCAAACATGTTTTACTCTTTAATCTTTACTGGAAACAACCAACTCTTCAAAATTTGAACACGAGTTTCATCAAAACTTCCTTCTCTCCCCCTATAATCTCCTGCTTCAGTTAATTTCTGCTAATTTAAGCACACAATTTCATCAGGAGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131020689
ATGGATTTTCGTCGAGACAATGCATTTTCTAATGCGAATGTGGTGCAAATTCTTTCTGGGAGCTCTGGGAATTGTGGTAGTGAGAATTGGGGGCCGGGGTCGAGTGATCAGGCGATTTGGGCTACTGAGGATGACTACGGAATGTGGAGTGGCGAAGCTTCCGGTGATGCTAATTCAAACTCGAATTACGAGGGAACGGGATCACAGTCCCGGTCAGGAAGTGAGCCTCCTAGTAAAAGATCCAAGAATTCCCAGTCAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057805657.1
MDFRRDNAFSNANVVQILSGSSGNCGSENWGPGSSDQAIWATEDDYGMWSGEASGDANSNSNYEGTGSQSRSGSEPPSKRSKNSQSGDLVSSNRSKAIGKMFYKTKLCCKFRAGTCPYVTNCNFAHSIEELRKPPPNWQEIMAAHEEDRPVSSEPREEFQIPIVGVTDETQRSYKGRHCKKFYTEEGCPYGENCTFLHDEQSKSRESVAISLGPGSGGASYGNSAIAVTLKPSNWKTRICNKWELTGYCPFGSKCHFAHG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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