当前解析结果
SmilChr04G003852| 统一新 Gene ID | SmilChr04G003852 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G003852 |
| 描述 | AT-hook motif nuclear-localized protein 9-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 54495685 - 54500833 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131020701 |
|---|---|
| GeneID | 131020701 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131020701 |
| 原始查询 | LOC131020701 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | AT-hook motif nuclear-localized protein 9-like |
| 产物 | AT-hook motif nuclear-localized protein 9-like |
| Arabidopsis | AT2G33620 (AT2G33620)AT hook motif DNA-binding family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817928] identity=45.4; qcov=0.645; evalue=9.66e-43; confidence=medium |
| Rice | Os04g0589900 (OsAHP1)- identity=42.9; qcov=0.674; evalue=1.07e-39; confidence=medium |
| GO | GO:0003680 (minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03479 (PCC) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131020701 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057805671.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057805671.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057805671.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057805671.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057805671.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:54496491 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr4:54496554 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C39 |
Chr4:54496561 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B95 |
Chr4:54497085 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A7,B18,B55,C34,C83 |
Chr4:54497842 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B122,C46,C73 |
Chr4:54499581 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr4:54499665 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr4:54499848 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B18,C34 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057805671.1PF03479
PCC 156-269 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057805671.1 |
Pfam | PF03479 |
PCC | Domain | 156 | 269 | 1.8e-25 | 90.1 | Plants and Prokaryotes Conserved (PCC) domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。