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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003781

染色体: Chr04 坐标: 53991128-53993662 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003781
名称SmilChr04G003781
描述glutathione S-transferase 2-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向53991128 - 53993662 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020710
GeneID131020710
locus_tag-
NCBI NameLOC131020710
原始查询LOC131020710

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glutathione S-transferase 2-like
产物glutathione S-transferase 2-like
ArabidopsisAT2G02390 (GSTZ1)
glutathione S-transferase zeta 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814770]
identity=52.6; qcov=0.946; evalue=1.34e-72; confidence=high
RiceOs02g0564000 (OsGSTZ3)
-
identity=48.4; qcov=1; evalue=1.44e-72; confidence=high
GOGO:0004364 (glutathione transferase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006559 (L-phenylalanine catabolic process); GO:0006749 (glutathione metabolic process); GO:0016034 (maleylacetoacetate isomerase activity)
KEGGsmil00350 (Tyrosine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF02798 (GST_N); PF13409 (GST_N_2); PF13417 (GST_N_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020710

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057805684.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057805685.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057805684.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805684.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805684.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:53991499 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:53991719 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,B1,B7,D11
Chr4:53992399 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr4:53992414 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,B78
Chr4:53992791 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B34,C72
Chr4:53993152 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr4:53993299 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B4
Chr4:53993502 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B17,C23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805684.1
262 aa
N
1
131
262
GST_N
GST_N_3
GST_N_2
C
PF02798 GST_N 25-98 aa PF13417 GST_N_3 28-105 aa PF13409 GST_N_2 34-99 aa
XP_057805685.1
239 aa
N
1
120
239
GST_N
GST_N_3
GST_N_2
C
PF02798 GST_N 25-98 aa PF13417 GST_N_3 28-105 aa PF13409 GST_N_2 34-99 aa
XP_057805687.1
221 aa
N
1
110
221
GST_N
GST_N_3
GST_N_2
C
PF02798 GST_N 25-98 aa PF13417 GST_N_3 28-105 aa PF13409 GST_N_2 34-99 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805684.1 Pfam PF02798 GST_N Domain 25 98 1.1e-15 58.4 Glutathione S-transferase, N-terminal domain
XP_057805684.1 Pfam PF13417 GST_N_3 Domain 28 105 2.5e-17 63.7 Glutathione S-transferase, N-terminal domain
XP_057805684.1 Pfam PF13409 GST_N_2 Domain 34 99 6.2e-16 59.5 Glutathione S-transferase, N-terminal domain
XP_057805685.1 Pfam PF02798 GST_N Domain 25 98 9e-16 58.7 Glutathione S-transferase, N-terminal domain
XP_057805685.1 Pfam PF13417 GST_N_3 Domain 28 105 2.1e-17 63.9 Glutathione S-transferase, N-terminal domain
XP_057805685.1 Pfam PF13409 GST_N_2 Domain 34 99 5.2e-16 59.7 Glutathione S-transferase, N-terminal domain
XP_057805687.1 Pfam PF02798 GST_N Domain 25 98 1e-15 58.5 Glutathione S-transferase, N-terminal domain
XP_057805687.1 Pfam PF13417 GST_N_3 Domain 28 105 2e-17 64.0 Glutathione S-transferase, N-terminal domain
XP_057805687.1 Pfam PF13409 GST_N_2 Domain 34 99 5.3e-16 59.7 Glutathione S-transferase, N-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949702.1
TATTTGAAAATTCATTCAGTTATATGCAATTAATAATTTTCAAAAATCTTAAATACCTAAACCCAAGTCTGAAAATTCGCGGTAATAATTGTCAGGTACTATCTAAGATTCTAAGGTAAGGTAGAAACAAAAGTCAGCACACCTAACTCAACTCAACTAGACTTACCTGCCTTCAAGCAAAAAAACTGCCTTGAGATTATTGCTGGGAATCGGTTGCTCAAGTCCATCTGAACTCTACTATGGAAACCAAGGACAACAAG...
XM_057949701.1
GTAATAATTGTCAGGTACTATCTAAGATTCTAAGGTAAGGTAGAAACAAAAGTCAGCACACCTAACTCAACTCAACTAGACTTACCTGCCTTCAAGCAAAAAAACTGCCTTGAGATTATTGCTGGGAATCGGTTGCTCAAGTCCATCTGAACTCTACTATGGAAACCAAGGACAACAAGATGCAGATGCACCGCCAAGATGAGTCATCATCATCATCACCATCAGCTCCCAAGCTAGTACTCTACTCCTATTGGCAGAGT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131020710
ATGGAAACCAAGGACAACAAGATGCAGATGCACCGCCAAGATGAGTCATCATCATCATCACCATCAGCTCCCAAGCTAGTACTCTACTCCTATTGGCAGAGTTCTTGTGCTTGGCGCATTCGATTTGCTCTGAATCTTAAAGGGCTTTCTTATGAGTACAGGGCTGTCAATCTTGACAAAGGAGAGCAATTTACTCCAGAATTTGAGAAATTAAATCCTCTTCACTATGTCCCAGTCTTGGTTGATGGAGATGTAGTTGT...
LOC131020710
ATGGAAACCAAGGACAACAAGATGCAGATGCACCGCCAAGATGAGTCATCATCATCATCACCATCAGCTCCCAAGCTAGTACTCTACTCCTATTGGCAGAGTTCTTGTGCTTGGCGCATTCGATTTGCTCTGAATCTTAAAGGGCTTTCTTATGAGTACAGGGCTGTCAATCTTGACAAAGGAGAGCAATTTACTCCAGAATTTGAGAAATTAAATCCTCTTCACTATGTCCCAGTCTTGGTTGATGGAGATGTAGTTGT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057805684.1
METKDNKMQMHRQDESSSSSPSAPKLVLYSYWQSSCAWRIRFALNLKGLSYEYRAVNLDKGEQFTPEFEKLNPLHYVPVLVDGDVVVSDSYAIILHLEENYPQNPLLPSDPQLRAINLQKIDTRIEAMIDIMAVSLKVKLSQAASIVSSSIQPLLMMTHLKYVEEKFGPAERAAWVQIHIGKGFSALEKLLKGRAGTYSTGDTAYMADVFLAPQIAVAANKFNVDMSKFPTLDAIYKSCIAMPEFEASLPERQPDAIHAL...
XP_057805685.1
METKDNKMQMHRQDESSSSSPSAPKLVLYSYWQSSCAWRIRFALNLKGLSYEYRAVNLDKGEQFTPEFEKLNPLHYVPVLVDGDVVVSDSYAIILHLEENYPQNPLLPSDPQLRAINLQAASIVSSSIQPLLMMTHLKYVEEKFGPAERAAWVQIHIGKGFSALEKLLKGRAGTYSTGDTAYMADVFLAPQIAVAANKFNVDMSKFPTLDAIYKSCIAMPEFEASLPERQPDAIHALVL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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