当前解析结果
SmilChr04G003773| 统一新 Gene ID | SmilChr04G003773 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G003773 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G003773 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 53926163 - 53928449 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131020718 |
|---|---|
| GeneID | 131020718 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131020718 |
| 原始查询 | LOC131020718 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0134900; species=rice; confidence=medium |
| 产物 | hit=Os06g0134900; species=rice; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT2G45380 (AT2G45380)myeloid leukemia factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819145] identity=39; qcov=1.12; evalue=1.3e-39; confidence=medium |
| Rice | Os06g0134900- identity=36.5; qcov=1.18; evalue=4.11e-42; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF10248 (Mlf1IP) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131020718 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057805703.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057805703.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057805703.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057805703.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057805703.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:53926382 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C53 |
Chr4:53926406 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A19,C12 |
Chr4:53926411 |
T |
TC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 7 | B127,B23,B51,C27,C73,C85,D4 |
Chr4:53927000 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B19 |
Chr4:53927013 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B91 |
Chr4:53927171 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B52,B83,C59,D10 |
Chr4:53927850 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B101,B21,B23,B71 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057805703.1PF10248
Mlf1IP 90-173 aa
XP_057805704.1PF10248
Mlf1IP 90-173 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057805703.1 |
Pfam | PF10248 |
Mlf1IP | Family | 90 | 173 | 5.2e-14 | 53.3 | Myelodysplasia-myeloid leukemia factor 1-interacting protein |
XP_057805704.1 |
Pfam | PF10248 |
Mlf1IP | Family | 90 | 173 | 5.2e-14 | 53.3 | Myelodysplasia-myeloid leukemia factor 1-interacting protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。