当前解析结果
SmilChr04G003864| 统一新 Gene ID | SmilChr04G003864 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G003864 |
| 描述 | adrenodoxin-like protein 2, mitochondrial |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 54562327 - 54564913 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131020732 |
|---|---|
| GeneID | 131020732 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131020732 |
| 原始查询 | LOC131020732 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | adrenodoxin-like protein 2, mitochondrial |
| 产物 | adrenodoxin-like protein 2%2C mitochondrial |
| Arabidopsis | AT4G21090 (MFDX2)MITOCHONDRIAL FERREDOXIN 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827856] identity=54; qcov=1.09; evalue=9.92e-61; confidence=high |
| Rice | Os07g0110300 (OsISC20)- identity=57.7; qcov=0.994; evalue=4.31e-64; confidence=high |
| GO | GO:0005739 (mitochondrion); GO:0051537 (2 iron, 2 sulfur cluster binding); GO:0140647 (P450-containing electron transport chain) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00111 (Fer2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131020732 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057805726.1 |
| 2 | Mitochondrion matrix | 线粒体基质 | 0.20000 | XP_057805726.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057805726.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057805726.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057805726.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:54562582 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B136,C17 |
Chr4:54562881 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr4:54563054 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B136 |
Chr4:54563084 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C77 |
Chr4:54563294 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B41 |
Chr4:54563334 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr4:54564442 |
GGC |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C46 |
Chr4:54564442 |
GGC |
G |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | C46 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057805726.1PF00111
Fer2 71-154 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057805726.1 |
Pfam | PF00111 |
Fer2 | Domain | 71 | 154 | 4.9e-11 | 43.1 | 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。