Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003871`

染色体: Chr04 坐标: 54603739-54615388 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003871`
名称	SmilChr04G003871
描述	SKP1-like protein 12
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	54603739 - 54615388 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020735`
GeneID	`131020735`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020735`
原始查询	`LOC131020735`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	SKP1-like protein 12
产物	SKP1-like protein 12
Arabidopsis	`AT4G34470` (SK12) SKP1-like 12 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829598] identity=36.1; qcov=0.881; evalue=2.72e-28; confidence=medium
Rice	`Os09g0539500` (OSK20) - identity=33.3; qcov=1.01; evalue=7.1e-26; confidence=low
GO	GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0031146 (SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process); GO:0097602 (cullin family protein binding)
KEGG	smil03083 (Polycomb repressive complex - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04120 (Ubiquitin mediated proteolysis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF03931 (Skp1_POZ)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020735

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057805729.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057805729.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057805729.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057805729.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057805729.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:54614199`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr4:54614343`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B111,C50
`Chr4:54614458`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B121
`Chr4:54614461`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B121,C50,C52

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805729.1

151 aa

151

Skp1_POZ

PF03931 Skp1_POZ 16-72 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057805729.1`	Pfam	`PF03931`	Skp1_POZ	Domain	16	72	2.3e-14	54.0	Skp1 family, tetramerisation domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057949746.1
CAGCCGCCTTAGCTTTGCCTTTGCCTTATTACGGTGAGAGGGGTAGAAAAGATGGAGAACAGAGAGACGTTGCCGTCACCGGAGAAGGAGAAACTGACTACGTTGATGAGTTTGGACGGCCATATTTTCCCGGTGGAGGAAGCGGTAATCGTGGAGCTCCGAGCAATTCGCCGCCTTCTGCCGGCCGCCGGTGACGCCACCATTCCTATTTCTCAGGTTACCGGCCAAATTCTGGCCAAAATCATCGATTACTGCAGAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131020735
ATGGAGAACAGAGAGACGTTGCCGTCACCGGAGAAGGAGAAACTGACTACGTTGATGAGTTTGGACGGCCATATTTTCCCGGTGGAGGAAGCGGTAATCGTGGAGCTCCGAGCAATTCGCCGCCTTCTGCCGGCCGCCGGTGACGCCACCATTCCTATTTCTCAGGTTACCGGCCAAATTCTGGCCAAAATCATCGATTACTGCAGAAAACACAACGATCACAAGCTCAATCGTTTGCGTGATGAGGAAATCAGTGCCTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057805729.1
MENRETLPSPEKEKLTTLMSLDGHIFPVEEAVIVELRAIRRLLPAAGDATIPISQVTGQILAKIIDYCRKHNDHKLNRLRDEEISAWDRHFVDVDEEILFDLLVASHFLEVKDLFYLTVTTVTDMMKTKSPAQVGNMDQLRNLFISNFRLD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器