Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001729`

染色体: Chr01 坐标: 31845754-31846979 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001729`
名称	SmilChr01G001729
描述	uncharacterized SmilChr01G001729
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	31845754 - 31846979 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020738`
GeneID	`131020738`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020738`
原始查询	`LOC131020738`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcriptional activator (DUF662) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818215]; symbol=AT2G36410; hit=AT2G36410; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	transcriptional activator (DUF662) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818215]; symbol=AT2G36410; hit=AT2G36410; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT2G36410` (AT2G36410) transcriptional activator (DUF662) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818215] identity=63; qcov=0.747; evalue=3.6e-50; confidence=medium
Rice	`Os04g0408600` - identity=59; qcov=0.747; evalue=8.13e-44; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04949 (Transcrip_act)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020738

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057805735.1`
2	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057805735.1`
3	Cytoskeleton	细胞骨架	0.20000	`XP_057805735.1`
4	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057805735.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057805735.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:31845972`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C40
`Chr1:31845972`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C40
`Chr1:31846007`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B7
`Chr1:31846138`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A1,B129,B2,C12,C37
`Chr1:31846318`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B48
`Chr1:31846326`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	A13,A3,B131,C48
`Chr1:31846326`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	4	A13,A3,B131,C48
`Chr1:31846329`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B15
`Chr1:31846491`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805735.1

170 aa

170

Transcrip_act

PF04949 Transcrip_act 42-170 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057805735.1`	Pfam	`PF04949`	Transcrip_act	Family	42	170	4.3e-55	186.6	Transcriptional activator

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057949752.1
TGAAACAAAATATCTGGAGTGGGTCAATACCCAACTGTAAACATTTGTCTGAAAAGCAAGCAAGGTGGATCCACAAATTCAAACCAGCTGTTTAAACAATTTTAAACAGAAAGAGAAAGAGAGTTAGAGAGAGAAGCATCGTTATCATTGGAACAACGCAAAAGCAAAAGGACAAGATTCAACACATAATGACAACAGAGGAGCCGCAGCACAACTCACAAACAATGCTGTGTATGAAGAAGAAGAAGATGTCCGAGATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131020738
ATGACAACAGAGGAGCCGCAGCACAACTCACAAACAATGCTGTGTATGAAGAAGAAGAAGATGTCCGAGATGATGATGATCGACGCCGCCGACACCGACTCCCCGCCCTTGCTCCACCACGACCAAGACTCCGCCCTCGCCGCCTTCCGCGCCAAGGAGGACGAGATCGAGCGCCGCCGGAGCGAGATCAGAGACCGAGTGCAAGCTCAGCTCACGCGCGTCGAGGAAGAAGCCAAGCGCCTTCAACAAATTCATGGAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057805735.1
MTTEEPQHNSQTMLCMKKKKMSEMMMIDAADTDSPPLLHHDQDSALAAFRAKEDEIERRRSEIRDRVQAQLTRVEEEAKRLQQIHGELESVTDPMRKEVAAICKRVELVNRDVKSLGVHCQKKEKEYKESVEAFNEKNKEKGQLLAKLAELMSESEKLRSTKLEELCNNI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器