Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003902`

染色体: Chr04 坐标: 54790935-54793715 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003902`
名称	SmilChr04G003902
描述	delta(8)-fatty-acid desaturase
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	54790935 - 54793715 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020765`
GeneID	`131020765`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020765`
原始查询	`LOC131020765`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	delta(8)-fatty-acid desaturase
产物	delta(8)-fatty-acid desaturase
Arabidopsis	`AT2G46210` (SLD2) Fatty acid/sphingolipid desaturase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819228] identity=70.9; qcov=0.982; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os09g0338500` - identity=58.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0006629 (lipid metabolic process); GO:0016020 (membrane); GO:0016717 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with oxidation of a pair of donors resulting in the reduction of molecular oxygen to two molecules of water)
KEGG	-
Pfam	PF00173 (Cyt-b5); PF00487 (FA_desaturase)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020765

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057805755.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	1.00000	`XP_057805755.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057805755.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057805755.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057805755.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:54792102`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A20,B85,B90,B92
`Chr4:54792208`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B54,C11,C69
`Chr4:54792233`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C6
`Chr4:54792239`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A2,C60
`Chr4:54792609`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A2,C60
`Chr4:54792772`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C30
`Chr4:54792832`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B124,B19,C38,C76,D8
`Chr4:54792974`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B86
`Chr4:54793030`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C24
`Chr4:54793072`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C49
`Chr4:54793078`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B101,B41
`Chr4:54793103`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B109

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805755.1

451 aa

226

451

Cyt-b5

FA_desaturase

PF00173 Cyt-b5 14-83 aa PF00487 FA_desaturase 149-412 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057805755.1`	Pfam	`PF00173`	Cyt-b5	Domain	14	83	4.1e-23	81.9	Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain
`XP_057805755.1`	Pfam	`PF00487`	FA_desaturase	Domain	149	412	1.6e-31	110.7	Fatty acid desaturase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057949772.1
AGAATAAGTATTAAAAATCAAAATTAGATAAAGTAGTGATTTTTTTAGCAACACCAAGTTAAAAAAAAAGAAGTTAATTATTTATAAATACATGAACTATACTCAATTTTTGATTTTTATTCAAATCTATTTTTTTGTTCAAACAGTACATAAATTTTTATTTTTTTAGAACTTGACAGTCCAAAATTTGCTGACTAATATCTTAATTGTTTTGGGTTCGATGGGCAATCCGAAGATTTCATTAGATTTCAATTGACCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131020765
ATGGCCGCCGCTTACGCTGCCGACGGTAAGAAGTACATCACCTCCGATGAGCTCAGAAAGCACAACAAACCCGGGGATCTGTGGCTCTCGATCCAAGGAAAAGTCTACAACGTGACGGATTGGGCGAAGCAGCACCCCGGCGGCGAGGTGCCGCTCCTCAATTTGGGTGGCCAGGACGTCACCGACGCGTTCATCGCCTTCCACCCTGGCTCCGCCTGGAAGCACCTCGACAACTTCTTCACCGGCTACCACCTCCGCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057805755.1
MAAAYAADGKKYITSDELRKHNKPGDLWLSIQGKVYNVTDWAKQHPGGEVPLLNLGGQDVTDAFIAFHPGSAWKHLDNFFTGYHLRDFHVSDMSRDYRNLATQFARSGLFEKKGHGVIYSLCFVSVLLAACFYGVLRCDGFLTHILSGGLLGLIWMQVAYLGHDSGHYNIMISPRFNKLAQILTGNCLTGISIAWWKWTHNAHHIACNSLDYDPDLQHLPMLAVSSRFFTNLTSQFYGRKLEFDPIARFFISYQHLTYYP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器