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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003909

染色体: Chr04 坐标: 54832885-54835347 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003909
名称SmilChr04G003909
描述F-box/kelch-repeat protein At3g61590-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向54832885 - 54835347 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020771
GeneID131020771
locus_tag-
NCBI NameLOC131020771
原始查询LOC131020771

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述F-box/kelch-repeat protein At3g61590-like
产物F-box/kelch-repeat protein At3g61590-like
ArabidopsisAT3G61590 (HWS)
Galactose oxidase/kelch repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825332]
identity=63.7; qcov=0.979; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0659900 (OsFBK1)
-
identity=57.9; qcov=0.962; evalue=9.69e-177; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00646 (F-box); PF12937 (F-box-like); PF24750 (b-prop_At3g26010-like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020771

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057805761.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057805761.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057805761.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805761.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805761.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:54834071 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D11
Chr4:54834098 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B131,C74
Chr4:54834098 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,C74
Chr4:54834114 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B57,B73,C17,C41
Chr4:54834166 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,A3,B78
Chr4:54834175 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,A3,B78
Chr4:54834331 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,C83
Chr4:54834519 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B35
Chr4:54834578 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A16,B131,B21,B93,C74
Chr4:54834602 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr4:54834688 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B100,B72,C65,C8,D10
Chr4:54834697 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B15,B65,B9,C76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805761.1
422 aa
N
1
211
422
F-box
F-box-like
b-prop_At3g26010-like
C
PF00646 F-box 44-83 aa PF12937 F-box-like 45-84 aa PF24750 b-prop_At3g26010-like 130-265 aa
XP_057805762.1
422 aa
N
1
211
422
F-box
F-box-like
b-prop_At3g26010-like
C
PF00646 F-box 44-83 aa PF12937 F-box-like 45-84 aa PF24750 b-prop_At3g26010-like 130-265 aa
XP_057805763.1
422 aa
N
1
211
422
F-box
F-box-like
b-prop_At3g26010-like
C
PF00646 F-box 44-83 aa PF12937 F-box-like 45-84 aa PF24750 b-prop_At3g26010-like 130-265 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805761.1 Pfam PF00646 F-box Domain 44 83 1.2e-12 47.9 F-box domain
XP_057805761.1 Pfam PF12937 F-box-like Domain 45 84 8.1e-12 45.4 F-box-like
XP_057805761.1 Pfam PF24750 b-prop_At3g26010-like Repeat 130 265 6.8e-09 36.0 F-box protein At3g26010-like, beta-propeller
XP_057805762.1 Pfam PF00646 F-box Domain 44 83 1.2e-12 47.9 F-box domain
XP_057805762.1 Pfam PF12937 F-box-like Domain 45 84 8.1e-12 45.4 F-box-like
XP_057805762.1 Pfam PF24750 b-prop_At3g26010-like Repeat 130 265 6.8e-09 36.0 F-box protein At3g26010-like, beta-propeller
XP_057805763.1 Pfam PF00646 F-box Domain 44 83 1.2e-12 47.9 F-box domain
XP_057805763.1 Pfam PF12937 F-box-like Domain 45 84 8.1e-12 45.4 F-box-like
XP_057805763.1 Pfam PF24750 b-prop_At3g26010-like Repeat 130 265 6.8e-09 36.0 F-box protein At3g26010-like, beta-propeller

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949779.1
CTCTCTTCTCTGGTTTTGTCTGGATCAGCAAGGCCAAAAGCCCATTAAAAGACCGCCCTTCTCTTTCATTCTCTTCTTCCTGTCGTATAGGCAAACACCACTTGAACGTGAAAGGAAATTCAAACAAGAAACAACAACCTCCTCTCTCTCTCTCCCTCTCCCCAACATTGTATATATACACACACATTTTCATTTGCATCTATTCTCGTGTTTATCAGCTAACACGCCCTTCCCTTCTCTCTTCACTGTCACTCAATTTA...
XM_057949778.1
TCTCTTCTCTGGTTTTGTCTGGATCAGCAAGGCCAAAAGCCCATTAAAAGACCGCCCTTCTCTTTCATTCTCTTCTTCCTGTCGTATAGGCAAACACCACTTGAACGTGAAAGGAAATTCAAACAAGAAACAACAACCTCCTCTCTCTCTCTCCCTCTCCCCAACATTGTATATATACACACACATTTTCATTTGCATCTATTCTCGTGTTTATCAGCTAACACGCCCTTCCCTTCTCTCTTCACTGTCACTCAATTTAA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131020771
ATGGAAGGAGAAACTTCGTGGGCCAGTCATTGCGCGGATGAGTCGACAAATGATGCTGTGCAGTTGGATTCGTTCTCGGAGCTTGATGATGAGGCTGAAAACGATGTTTGTGCAGTTACTTTGGATTTGATCTTGCCCGATGATCTGTTAGAAAGGATATTGGCGTATCTCCCGGTTGCCAGCATCTTTCGGGCCGGCTGTGTGTGTAAAAGGTGGAACGAGATAGTGAAATCGAAGAGGTTTTTGTGGAATAGTGCTCG...
LOC131020771
ATGGAAGGAGAAACTTCGTGGGCCAGTCATTGCGCGGATGAGTCGACAAATGATGCTGTGCAGTTGGATTCGTTCTCGGAGCTTGATGATGAGGCTGAAAACGATGTTTGTGCAGTTACTTTGGATTTGATCTTGCCCGATGATCTGTTAGAAAGGATATTGGCGTATCTCCCGGTTGCCAGCATCTTTCGGGCCGGCTGTGTGTGTAAAAGGTGGAACGAGATAGTGAAATCGAAGAGGTTTTTGTGGAATAGTGCTCG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057805761.1
MEGETSWASHCADESTNDAVQLDSFSELDDEAENDVCAVTLDLILPDDLLERILAYLPVASIFRAGCVCKRWNEIVKSKRFLWNSARVFSVRPWYFMFTSSDEPVGYAYDPVLRKWYGIDLPCIEKSNWFVVSSCGLVCFMDNDSRSELYVCNPITRSWKGLDEPPGPKFSDYSALAVAVDRTSHSYVVSIVKSKQVPENFFQWDLSIHLYDSEATTWATALTEVLTGWRGGDESVICGGVLYFLIYSTGGGGPDNRHGI...
XP_057805762.1
MEGETSWASHCADESTNDAVQLDSFSELDDEAENDVCAVTLDLILPDDLLERILAYLPVASIFRAGCVCKRWNEIVKSKRFLWNSARVFSVRPWYFMFTSSDEPVGYAYDPVLRKWYGIDLPCIEKSNWFVVSSCGLVCFMDNDSRSELYVCNPITRSWKGLDEPPGPKFSDYSALAVAVDRTSHSYVVSIVKSKQVPENFFQWDLSIHLYDSEATTWATALTEVLTGWRGGDESVICGGVLYFLIYSTGGGGPDNRHGI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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