Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001781

染色体: Chr01 坐标: 32691554-32693498 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001781
名称SmilChr01G001781
描述uncharacterized SmilChr01G001781
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向32691554 - 32693498 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020783
GeneID131020783
locus_tag-
NCBI NameLOC131020783
原始查询LOC131020783

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述TonB-dependent heme receptor A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843533]; symbol=AT1G72020; hit=AT1G72020; species=arabidopsis; confidence=medium
产物TonB-dependent heme receptor A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843533]; symbol=AT1G72020; hit=AT1G72020; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT1G72020 (AT1G72020)
TonB-dependent heme receptor A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843533]
identity=62.9; qcov=1.03; evalue=2.13e-36; confidence=medium
RiceOs04g0432600
-
identity=63.8; qcov=1; evalue=6.91e-35; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020783

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057805791.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057805791.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 1.00000 XP_057805791.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057805791.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805791.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:32691826 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr1:32693092 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr1:32693093 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C64,C66
Chr1:32693134 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,B64

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949808.1
CAAAGGTTGTGATTTATTTGGAATCAACCCTTATGTCAATTCACATAAAATAAAATACTATTAGTTCAGCCCAGAATCAGTGTAAAAGCCCAGCATATCAAGCCCAACAATTTCCACACGTGCAATTCAAACGCCTAAAATCACAAATCAGTCTCCCAAAATCACAGCAAACCCTTGTTCGAGATTCGTCGTCTTGCTTTAGTCGTATATAGAAATTGCTCTCAACGGAATCGAAATTACTCACTAATGGCGATGAACGG...
XM_057949813.1
ATTTGGAATCAACCCTTATGTCAATTCACATAAAATAAAATACTATTAGTTCAGCCCAGAATCAGTGTAAAAGCCCAGCATATCAAGCCCAACAATTTCCACACGTGCAATTCAAACGCCTAAAATCACAAATCAGTCTCCCAAAATCACAGCAAACCCTTGTTCGAGATTCGTCGTCTTGCTTTAGTCGTATATAGAAATTGCTCTCAACGGAATCGAAATTACTCACTAATGGCGATGAACGGATTGAGATCGTGCGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131020783
ATGGCGATGAACGGATTGAGATCGTGCGCTTCCAAGCTCATGAATTCCGCAATTATGCCCAAACCAGTCACAGTGAACAGGGGCATTCACTCAACTAGTGTGAAGAAGATGGGAGGAGGTCATGGCCATGACGAGCCTTACTATCTGCATGCAAAGCACATGTACAACTTGGACAGGATGAATCATCAGGCACTGAAAATGAGCCTTGCTGTCTTCACTGCATTCAGCATTGGTGTTGCTGTCCCAGTTTATGCAGTAGT...
LOC131020783
ATGGCGATGAACGGATTGAGATCGTGCGCTTCCAAGCTCATGAATTCCGCAATTATGCCCAAACCAGTGAACAGGGGCATTCACTCAACTAGTGTGAAGAAGATGGGAGGAGGTCATGGCCATGACGAGCCTTACTATCTGCATGCAAAGCACATGTACAACTTGGACAGGATGAATCATCAGGCACTGAAAATGAGCCTTGCTGTCTTCACTGCATTCAGCATTGGTGTTGCTGTCCCAGTTTATGCAGTAGTCTTTCA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057805791.1
MAMNGLRSCASKLMNSAIMPKPVTVNRGIHSTSVKKMGGGHGHDEPYYLHAKHMYNLDRMNHQALKMSLAVFTAFSIGVAVPVYAVVFQQKKTSSA
XP_057805796.1
MAMNGLRSCASKLMNSAIMPKPVNRGIHSTSVKKMGGGHGHDEPYYLHAKHMYNLDRMNHQALKMSLAVFTAFSIGVAVPVYAVVFQQKKTSSA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器