当前解析结果
SmilChr04G003926| 统一新 Gene ID | SmilChr04G003926 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G003926 |
| 描述 | transcription factor TRY-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 54932033 - 54933174 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131020789 |
|---|---|
| GeneID | 131020789 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131020789 |
| 原始查询 | LOC131020789 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | transcription factor TRY-like |
| 产物 | transcription factor TRY-like |
| Arabidopsis | AT5G53200 (TRY)Homeodomain-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835401] identity=67.5; qcov=0.899; evalue=2.58e-34; confidence=medium |
| Rice | Os01g0619100 (OsTCL1)- identity=57.1; qcov=0.629; evalue=5.06e-20; confidence=low |
| GO | GO:0000976 (transcription cis-regulatory region binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0030154 (cell differentiation) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00249 (Myb_DNA-binding) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131020789 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057805795.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057805795.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057805795.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057805795.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057805795.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:54932987 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B119 |
Chr4:54932987 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B119 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057805795.1PF00249
Myb_DNA-binding 29-70 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057805795.1 |
Pfam | PF00249 |
Myb_DNA-binding | Domain | 29 | 70 | 2.4e-08 | 34.7 | Myb-like DNA-binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。