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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003938`

染色体: Chr04 坐标: 55000517-55009781 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003938`
名称	SmilChr04G003938
描述	cyclic nucleotide-gated ion channel 1-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	55000517 - 55009781 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020802`
GeneID	`131020802`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020802`
原始查询	`LOC131020802`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	cyclic nucleotide-gated ion channel 1-like
产物	cyclic nucleotide-gated ion channel 1-like
Arabidopsis	`AT4G01010` (CNGC13) cyclic nucleotide-gated channel 13 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826427] identity=46; qcov=0.922; evalue=2.13e-113; confidence=high
Rice	`Os06g0527100` (OsCNGC12) - identity=48; qcov=0.764; evalue=2.7e-103; confidence=high
GO	GO:0005216 (monoatomic ion channel activity); GO:0006811 (monoatomic ion transport); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG	smil04626 (Plant-pathogen interaction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00520 (Ion_trans)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020802

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057805811.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057805811.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057805811.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057805811.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057805811.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:55000723`	`CTA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	29	A20,A8,B101,B104,B107,B108,B118,B134,B2,B27,B31,B44,B61,B62,B64,B77,B87,B95,C22,C29,C33,C34,C40,C75,C76,C85,C9,D11,D8
`Chr4:55000728`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B127
`Chr4:55000728`	`TA`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B127
`Chr4:55000748`	`TTG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B24
`Chr4:55000748`	`TTG`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B24
`Chr4:55000754`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B24
`Chr4:55000768`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B85
`Chr4:55000768`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B85
`Chr4:55000858`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B39
`Chr4:55000858`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B39
`Chr4:55008607`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B43,B45,B83
`Chr4:55008702`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A18,B104,B45,C8,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805811.1

487 aa

244

487

Ion_trans

PF00520 Ion_trans 36-218 aa

XP_057805812.1

474 aa

237

474

Ion_trans

PF00520 Ion_trans 36-218 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057805811.1`	Pfam	`PF00520`	Ion_trans	Family	36	218	2.7e-09	37.3	Ion transport protein
`XP_057805812.1`	Pfam	`PF00520`	Ion_trans	Family	36	218	2.5e-09	37.4	Ion transport protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057949830.1
TAGATGTTAGTAATTAGTTCTCCATCCACTACAAGAATCACCTTATCTCTCCATTCACCAAATCCACCTTATATCTCCAATCTCCAATTCGCTTCCAAGAGGGATCGAACCCGGGTTACTTCACTTAAGTGAGGACCCGGTGGCCAGTGGGCTAAGCCCCCTGGTTTTTGAGCAAATCATTCAATATCGTGGACAAATCAGAATGACTATATATATACGGTCCAACGTTTTTTGTCAGGTTAAAATTGTGATGGCACTCC...

XM_057949828.1
GATGTTAGTAATTAGTTCTCCATCCACTACAAGAATCACCTTATCTCTCCATTCACCAAATCCACCTTATATCTCCAATCTCCAATTCGCTTCCAAGAGGGATCGAACCCGGGTTACTTCACTTAAGTGAGGACCCGGTGGCCAGTGGGCTAAGCCCCCTGGTTTTTGAGCAAATCATTCAATATCGTGGACAAATCAGAATGACTATATATATACGGTCCAACGTTTTTTGTCAGGTTAAAATTGTGATGGCACTCCAC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC131020802
ATGACTATATATATACGGTCCAACGTTTTTTGTCAGGTTAAAATTGTGATGGCACTCCACGATGAAATAAGTCCGGCTAGGCAACGGCCGTTGATGATCCTTACTACGTTCCAAAACCTTTTAAGAATGGTGCGTATGGTCCCTCTGTTCAAGAATTTGACTACAACATCTAGCATATTTGTATCGAGGGCGTGGTTTGGAGCTGCTTCAAATTTATTCACCTGCATCCTTGCCTCTCATGTGATTGGATCCTTCTGGTA...

LOC131020802
ATGACTATATATATACGGTCCAACGTTTTTTGTCAGGTTAAAATTGTGATGGCACTCCACGATGAAATAAGTCCGGCTAGGCAACGGCCGTTGATGATCCTTACTACGTTCCAAAACCTTTTAAGAATGGTGATTGGATCCTTCTGGTACCTAAGCTCGGTTGAGCGAACGTACAGATGTTGGCGCATCGCATGCGATATTAATCAGTGCAATTTTGATGATTTGTATTGTGGGCAATCAAGCATCTATAATTCCTTTCT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057805811.1
MTIYIRSNVFCQVKIVMALHDEISPARQRPLMILTTFQNLLRMVRMVPLFKNLTTTSSIFVSRAWFGAASNLFTCILASHVIGSFWYLSSVERTYRCWRIACDINQCNFDDLYCGQSSIYNSFLISSPCSPLEPSKSDFDYGIFVHAISIQLCQNFFRRFFHCFIWGLRNLSSLGQNLETSSAVGENLFVVVISVSGLILFSFLAGNIQRYLHSVTVREDEMSVKIREQEQWMSRCMLPPALRARVRQHERFKWLKNRGV...

XP_057805812.1
MTIYIRSNVFCQVKIVMALHDEISPARQRPLMILTTFQNLLRMVRMVPLFKNLTTTSSIFVSRAWFGAASNLFTCILASHVIGSFWYLSSVERTYRCWRIACDINQCNFDDLYCGQSSIYNSFLISSPCSPLEPSKSDFDYGIFVHAISIQLCQNFFRRFFHCFIWGLRNLSSLGQNLETSSAVGENLFVVVISVSGLILFSFLAGNIQRYLHSVTVREDEMSVKIREQEQWMSRCMLPPALRARVRQHERFKWLKNRGV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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