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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003942

染色体: Chr04 坐标: 55021275-55023067 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003942
名称SmilChr04G003942
描述cyclic nucleotide-gated ion channel 1-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向55021275 - 55023067 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020806
GeneID131020806
locus_tag-
NCBI NameLOC131020806
原始查询LOC131020806

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述cyclic nucleotide-gated ion channel 1-like
产物cyclic nucleotide-gated ion channel 1-like
ArabidopsisAT5G53130 (CNGC1)
cyclic nucleotide gated channel 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835393]
identity=63.7; qcov=0.86; evalue=4.94e-82; confidence=high
RiceOs02g0255000 (OsCNGC2)
-
identity=56.9; qcov=0.923; evalue=2.56e-72; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020806

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057805817.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057805817.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805817.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805817.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057805817.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:55022536 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,C21
Chr4:55022708 G GGT 2bp_insertion frameshift_variant 2 B10,B84
Chr4:55022708 G GGT 2bp_insertion CDS_variant 2 B10,B84
Chr4:55022711 GCA G 2bp_deletion frameshift_variant 2 B10,B84
Chr4:55022711 GCA G 2bp_deletion CDS_variant 2 B10,B84
Chr4:55022796 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B20
Chr4:55022796 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B20
Chr4:55022799 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B20
Chr4:55022853 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A8,B125,C9
Chr4:55022883 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:55023043 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 3 A11,A18,B81
Chr4:55023043 TA T 1bp_deletion CDS_variant 3 A11,A18,B81

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949834.1
ATATATATATATATATATATATATATATCTTCAAGCTGTGATCATAAGCTGAGAGAGCCAAAATTTAGAGGTTTAATTAAGAGGCTGATACCTTGGTTTCTTGCTGGGGCATGAGGTTTGAGGTTGTTTCTTCATTTGTTTTTAGTGATCATTCATGAAATATGTAAGGCGGATTGAGACGAGACTTTGACAGAGGCCACTAGATCCTGGGCTTAATCGCAGCCGGAATAGGACGAGGATTCGAGATCGTGAGCTCAATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020806
ATGATAAGATGGCAGCAGCAGCCTTCTCCACAAAAGAACATGAAGCCAAAGAAGAGACGCATCCTCAACCCTCAGGGGAATTTCCTGCAGAAATGGAACAAGATATTCGCGGTGTCCTGCATCATCGCCGTCTCCCTCGACCCTCTCTTCTTCTACATTCCGATGATCGTACGCGACCAGTTCTGCCTAACTCTCGACAGGAAGGTCGAGATCGCCGCCTGCGTGCTTCGCTCTATGGTGGATATCTTCTACGTGTTTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805817.1
MIRWQQQPSPQKNMKPKKRRILNPQGNFLQKWNKIFAVSCIIAVSLDPLFFYIPMIVRDQFCLTLDRKVEIAACVLRSMVDIFYVFHIVLQFRTGFIVPSSHVFRRGKLVKDSRAIAKHYLRSYFVVDVLSILPLPQMVVLMVRHAVKEPVAHVMKEMLKAVIFIQYIPRVWRIYPLYQEVTRTSGIFTKTAWAGASFNLSLFMLASHVTLSLSLSLYIYI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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