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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003945

染色体: Chr04 坐标: 55040290-55045583 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003945
名称SmilChr04G003945
描述beta-amyrin synthase 1-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向55040290 - 55045583 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020807
GeneID131020807
locus_tag-
NCBI NameLOC131020807
原始查询LOC131020807

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述beta-amyrin synthase 1-like
产物beta-amyrin synthase 1-like
ArabidopsisAT1G78950 (BAS)
Terpenoid cyclases family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844234]
identity=74.7; qcov=0.997; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0139700 (OsOSC2)
-
identity=58.2; qcov=0.999; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005811 (lipid droplet); GO:0016104 (triterpenoid biosynthetic process); GO:0042300 (beta-amyrin synthase activity)
KEGGsmil00909 (Sesquiterpenoid and triterpenoid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00999 (Biosynthesis of various plant secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF13243 (SQHop_cyclase_C); PF13249 (SQHop_cyclase_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020807

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057805818.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.60000 XP_057805818.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057805818.1
4 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057805818.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057805818.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:55040579 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B106
Chr4:55040704 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B18,B33,C57
Chr4:55041368 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,B63,C41
Chr4:55041411 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B129,B58,B89,C4,C62
Chr4:55041680 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49
Chr4:55042083 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A1,A23,B138
Chr4:55042104 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B18
Chr4:55042254 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,B66,B79
Chr4:55042299 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr4:55042442 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A15,B85
Chr4:55042479 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B111
Chr4:55042491 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805818.1
761 aa
N
1
380
761
SQHop_cyclase_N
SQHop_cyclase_C
C
PF13249 SQHop_cyclase_N 99-361 aa PF13243 SQHop_cyclase_C 416-752 aa
XP_057805819.1
761 aa
N
1
380
761
SQHop_cyclase_N
SQHop_cyclase_C
C
PF13249 SQHop_cyclase_N 99-361 aa PF13243 SQHop_cyclase_C 416-752 aa
XP_057805820.1
761 aa
N
1
380
761
SQHop_cyclase_N
SQHop_cyclase_C
C
PF13249 SQHop_cyclase_N 99-361 aa PF13243 SQHop_cyclase_C 416-752 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805818.1 Pfam PF13249 SQHop_cyclase_N Repeat 99 361 2.7e-37 129.3 Squalene-hopene cyclase N-terminal domain
XP_057805818.1 Pfam PF13243 SQHop_cyclase_C Repeat 416 752 2.4e-56 191.8 Squalene-hopene cyclase C-terminal domain
XP_057805819.1 Pfam PF13249 SQHop_cyclase_N Repeat 99 361 2.7e-37 129.3 Squalene-hopene cyclase N-terminal domain
XP_057805819.1 Pfam PF13243 SQHop_cyclase_C Repeat 416 752 2.4e-56 191.8 Squalene-hopene cyclase C-terminal domain
XP_057805820.1 Pfam PF13249 SQHop_cyclase_N Repeat 99 361 2.7e-37 129.3 Squalene-hopene cyclase N-terminal domain
XP_057805820.1 Pfam PF13243 SQHop_cyclase_C Repeat 416 752 2.4e-56 191.8 Squalene-hopene cyclase C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949835.1
CCTACATCTCAAGCACAAATAAATACTCTCCCACTGAAAATATAGTTCTCTGCCAAACCTACAATCTTCGGTGCAATCATCAATTTCAGAATTAATTAAAGCTTATTTGGTGTAAAACCACAATTTCAATTCCCACCAAAAGTCAAGAATTTTTGGCTAATTAAAACGTTTGGAAATAATCAGCATATATAATGTGGAGGCTGAAGACTGCAGAAGGCGAAGACGGCCCATACCTTTACAGCACCAACAACTACGTCGGC...
XM_057949836.1
CAAATAAATACTCTCCCACTGAAAATATAGTTCTCTGCCAAACCTACAATCTTCGGTGCAATCATCAATTTCAGAATTAATTAAAGCTTATTTGGTGTAAAACCACAATTTCAATTCCCACCAAAAGTCAAGAATTTTTGGCTAATTAAAACGTGAGTAGTGTCGATTATCTCTCTATATATTCAGCAATTACATTTGTGGTTTCCACCATCATCTCTTCTCAATCTCTCAATTGGTGGCTTCTAATTTCCTATCAATCT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131020807
ATGTGGAGGCTGAAGACTGCAGAAGGCGAAGACGGCCCATACCTTTACAGCACCAACAACTACGTCGGCCGGCAGACTTGGGAATTCGACGCCGACTACGGCACGGCGGAGCTCCGGGAAGAGGTCGACAAAGCCCGCCGTGATTTCTGGGACAACCGCCGCGATGTCAAGCCCAGCAGCGATCTCCTCTGGCGGATTCAGTTTTTGCATGAGAAGAATTTCAAGCAGACTATACCCCAAGTCAAGGTGGCCGACGGTGA...
LOC131020807
ATGTGGAGGCTGAAGACTGCAGAAGGCGAAGACGGCCCATACCTTTACAGCACCAACAACTACGTCGGCCGGCAGACTTGGGAATTCGACGCCGACTACGGCACGGCGGAGCTCCGGGAAGAGGTCGACAAAGCCCGCCGTGATTTCTGGGACAACCGCCGCGATGTCAAGCCCAGCAGCGATCTCCTCTGGCGGATTCAGTTTTTGCATGAGAAGAATTTCAAGCAGACTATACCCCAAGTCAAGGTGGCCGACGGTGA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057805818.1
MWRLKTAEGEDGPYLYSTNNYVGRQTWEFDADYGTAELREEVDKARRDFWDNRRDVKPSSDLLWRIQFLHEKNFKQTIPQVKVADGEDITYEAASATLRRAVTFFSALQASDGHWPAENAGPLFFLPPLVMITYITGHLNTVFPAEHRREILRYIYCHQNEDGGWGFHIEGHSTMFCTALNYICMRILGEGPEGGLNNACSRARKWILDHGTIKAIPSWGKTWLSILGVFEWIGSNPMPPEFWLLPSFLPMHPAKMWCYC...
XP_057805819.1
MWRLKTAEGEDGPYLYSTNNYVGRQTWEFDADYGTAELREEVDKARRDFWDNRRDVKPSSDLLWRIQFLHEKNFKQTIPQVKVADGEDITYEAASATLRRAVTFFSALQASDGHWPAENAGPLFFLPPLVMITYITGHLNTVFPAEHRREILRYIYCHQNEDGGWGFHIEGHSTMFCTALNYICMRILGEGPEGGLNNACSRARKWILDHGTIKAIPSWGKTWLSILGVFEWIGSNPMPPEFWLLPSFLPMHPAKMWCYC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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