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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003959`

染色体: Chr04 坐标: 55118334-55121000 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003959`
名称	SmilChr04G003959
描述	pyridoxine/pyridoxamine 5'-phosphate oxidase 2
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	55118334 - 55121000 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020823`
GeneID	`131020823`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020823`
原始查询	`LOC131020823`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pyridoxine/pyridoxamine 5'-phosphate oxidase 2
产物	pyridoxine/pyridoxamine 5'-phosphate oxidase 2
Arabidopsis	`AT2G46580` (AT2G46580) Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819270] identity=60.7; qcov=1; evalue=2.19e-89; confidence=high
Rice	`Os03g0115500` - identity=57; qcov=0.965; evalue=1.55e-82; confidence=high
GO	GO:0004733 (pyridoxamine phosphate oxidase activity); GO:0008615 (pyridoxine biosynthetic process); GO:0010181 (FMN binding)
KEGG	smil00750 (Vitamin B6 metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01243 (PNPOx_N); PF12766 (Pyridox_oxase_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020823

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057805841.1`
2	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057805841.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057805841.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057805841.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057805841.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:55119367`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	17	A11,B11,B112,B132,B133,B15,B37,B54,B6,B8,C31,C40,C5,C51,C67,C7,C75
`Chr4:55119624`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C10,C2,C31
`Chr4:55119659`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C10,C2,C31
`Chr4:55119948`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B25,C28
`Chr4:55119972`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	B11,B112,B37
`Chr4:55119972`	`T`	`TC`	1bp_insertion	CDS_variant	3	B11,B112,B37
`Chr4:55120426`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B49,B79,C16,C33
`Chr4:55120693`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805841.1

200 aa

100

200

Pyridox_oxase_2

PNPOx_N

PF12766 Pyridox_oxase_2 9-101 aa PF01243 PNPOx_N 24-122 aa

XP_057805842.1

200 aa

100

200

Pyridox_oxase_2

PNPOx_N

PF12766 Pyridox_oxase_2 9-101 aa PF01243 PNPOx_N 24-122 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057805841.1`	Pfam	`PF12766`	Pyridox_oxase_2	Domain	9	101	4e-31	108.3	Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase, FMN-binding domain
`XP_057805841.1`	Pfam	`PF01243`	PNPOx_N	Domain	24	122	1.1e-09	39.4	Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase
`XP_057805842.1`	Pfam	`PF12766`	Pyridox_oxase_2	Domain	9	101	4e-31	108.3	Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase, FMN-binding domain
`XP_057805842.1`	Pfam	`PF01243`	PNPOx_N	Domain	24	122	1.1e-09	39.4	Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057949858.1
CCTAAGAAATCAGCTTAACCTTTTGGTTGGCTTAAAGAGGTGTTTAATTACATAGCAATGCTAGTGATTAGTGAGTTTGTCTACCCTAATAAATGAGTTATGTTGACTAAATAATCATTTTCTCAAAAAAAAAAAAATCATATCTAAGAAATTTCCCCAAATCCGCCTGAATTGAGGCATTCTAAAACTCCCGGCGATACTGACAGCAAATGGGGAGCTCGTCGGCGGCGGCGCCGCCGTGGAAACAGCTTCTTCTCAGT...

XM_057949859.1
CAGCTTAACCTTTTGGTTGGCTTAAAGAGGTGTTTAATTACATAGCAATGCTAGTGATTAGTGAGTTTGTCTACCCTAATAAATGAGTTATGTTGACTAAATAATCATTTTCTCAAAAAAAAAAAAATCATATCTAAGAAATTTCCCCAAATCCGCCTGAATTGAGGCATTCTAAAACTCCCGGCGATACTGACAGCAAATGGGGAGCTCGTCGGCGGCGGCGCCGCCGTGGAAACAGCTTCTTCTCAGTTCAATTCAAG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131020823
ATGGGGAGCTCGTCGGCGGCGGCGCCGCCGTGGAAACAGCTTCTTCTCAGTTCAATTCAAGCCAATTCCCATCTGAAGCACCACTCCTACTTCCAGCTCGCAACTGTTTCATCGAATAACAGACCCTCCAACCGCACCGTTGTTTTCAGAGGGTTTCACGATGATGGTGATGAGATTCTAATCAACACCGACACTCGTTCCCGCAAGATAAATGATCTCAAGCACTGCCCTTTTGCTGAGATATGTTGGTACTTCACCGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057805841.1
MGSSSAAAPPWKQLLLSSIQANSHLKHHSYFQLATVSSNNRPSNRTVVFRGFHDDGDEILINTDTRSRKINDLKHCPFAEICWYFTESWEQFRIRGVIDVVDGTTPDPLKLQQREKSWFASSLRSRMQYLAASPGLPAIASSEQPPSLDPSVGPVAAFGLLVFDPHEVDYLNLKSNERLLFTSAASVDAQKLWTSEKVNP

XP_057805842.1
MGSSSAAAPPWKQLLLSSIQANSHLKHHSYFQLATVSSNNRPSNRTVVFRGFHDDGDEILINTDTRSRKINDLKHCPFAEICWYFTESWEQFRIRGVIDVVDGTTPDPLKLQQREKSWFASSLRSRMQYLAASPGLPAIASSEQPPSLDPSVGPVAAFGLLVFDPHEVDYLNLKSNERLLFTSAASVDAQKLWTSEKVNP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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