Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000577

染色体: Chr01 坐标: 11991947-11992411 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000577
名称SmilChr01G000577
描述uncharacterized SmilChr01G000577
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向11991947 - 11992411 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020837
GeneID131020837
locus_tag-
NCBI NameLOC131020837
原始查询LOC131020837

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020837

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057805896.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057805896.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805896.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805896.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057805896.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:11991949 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B110,C16,D4
Chr1:11991950 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,A9,C21,C36
Chr1:11991957 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,B41,C21,C36,D10
Chr1:11991964 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C81
Chr1:11991975 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B14,B47,B63,B65,B67
Chr1:11991980 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B110,B75,D4
Chr1:11992004 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C13,C41
Chr1:11992027 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B127,B79
Chr1:11992029 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 43 A10,A23,A7,B10,B109,B117,B123,B21,B23,B27,B4,B41,B46,B59,B6,B62,B69,B70,B85,B86,B9,B91,B95,C13,C14,C17,C20,C21,C40,C42,C44,C5,C52,C57,C6,C63,C67,C75,C76,C8,C86,D3,D7
Chr1:11992030 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 5 B106,B47,B93,C60,C61
Chr1:11992030 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B106,B47,B93,C60,C61
Chr1:11992047 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949913.1
ATGGTGTATGGCAAGAGGTGTCATTTACCGGTGGAATTGGAGCACAAGGCGTTCTGGGCAGTGAACAAAGTAAACTATGACTGGGACAACGCAGGGCAGGCAAGGAAGTTAGAGATCCAAGAGCTCGAAGAAATCAGGAGGGAGGCATACGACAATGCTGTTCTCTACAAAGAAAGAATGAAAAAGAGCCATGATGCCTTGATCACCAGCAAGCAATTCAGCCATGGGCAAGAGGTCCTGTTGTACCAGACACGGTTCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020837
ATGGTGTATGGCAAGAGGTGTCATTTACCGGTGGAATTGGAGCACAAGGCGTTCTGGGCAGTGAACAAAGTAAACTATGACTGGGACAACGCAGGGCAGGCAAGGAAGTTAGAGATCCAAGAGCTCGAAGAAATCAGGAGGGAGGCATACGACAATGCTGTTCTCTACAAAGAAAGAATGAAAAAGAGCCATGATGCCTTGATCACCAGCAAGCAATTCAGCCATGGGCAAGAGGTCCTGTTGTACCAGACACGGTTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805896.1
MVYGKRCHLPVELEHKAFWAVNKVNYDWDNAGQARKLEIQELEEIRREAYDNAVLYKERMKKSHDALITSKQFSHGQEVLLYQTRFKFAQGKLSTKWTGPFVVKAQFPNGAVEIGNPKSGKVFKVNGQRLKAYFGHKPDAGEELDLDPATSTPN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器