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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003979

染色体: Chr04 坐标: 55243192-55244202 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003979
名称SmilChr04G003979
描述NDR1/HIN1-like protein 12
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向55243192 - 55244202 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020843
GeneID131020843
locus_tag-
NCBI NameLOC131020843
原始查询LOC131020843

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述NDR1/HIN1-like protein 12
产物NDR1/HIN1-like protein 12
ArabidopsisAT4G01410 (AT4G01410)
Late embryosis abundant (LEA) hydroxyproline-rich glycoprotein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828166]
identity=49.2; qcov=0.716; evalue=2.07e-59; confidence=high
RiceOs05g0367900
-
identity=39; qcov=1.02; evalue=8.39e-47; confidence=medium
GOGO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020843

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057805863.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057805863.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805863.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805863.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057805863.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:55243387 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B77,C64
Chr4:55243490 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B61,B67,B88,B97,C1
Chr4:55243499 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B137
Chr4:55243539 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B136,B59,B98,C72
Chr4:55243564 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B46,B52
Chr4:55243565 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B12,B20,C50,C73,C77
Chr4:55243578 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77
Chr4:55243621 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr4:55243627 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr4:55243634 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B4
Chr4:55243724 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B89,B98,C55,C72,D10
Chr4:55243745 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,C14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949880.1
TGACAAACATACATTCCACTTGTCCCACTCAAACCTCTCCTACTACTGCCTCTCTCTTGTAGAATTGCCACTCAAACATATTTGATCACCGTTTATGCTCATGGCCGAAGAAGAACCCCCCCACCCCTACCCCCACCCCCACCCCCACCCCAACCCCCATCCCCACCCCCACTCCCACCCCAACCCTCATCCCCACGCCCACCCCCAACCCCCAAAGATGGCCTCACCCGACGAGAAGCACCCGCACAAGGAGCCCATCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020843
ATGCTCATGGCCGAAGAAGAACCCCCCCACCCCTACCCCCACCCCCACCCCCACCCCAACCCCCATCCCCACCCCCACTCCCACCCCAACCCTCATCCCCACGCCCACCCCCAACCCCCAAAGATGGCCTCACCCGACGAGAAGCACCCGCACAAGGAGCCCATCCCGCCGCCGTATCCTCGCCCCCGGGGGCGAGGATACAGCGGCGGCGGGGGTCGAGCAAGAGACCCCCGCCGAGCCCTCTGCACCGCCGCCGCAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805863.1
MLMAEEEPPHPYPHPHPHPNPHPHPHSHPNPHPHAHPQPPKMASPDEKHPHKEPIPPPYPRPRGRGYSGGGGRARDPRRALCTAAAAVLVLVGVTALTLWLVYRPRHPRFQVVSAAVYQLNTSSPPFVTASAQFTVVARNPNRHLTVLYDPFSAYLSYRNRAITPPAALPPLFQETRSTVALSPLLGGAPVPVEAELANALAMDEAYGVVGLRLVLTGKVRYKAGAVGGGRHGVYVACDLLVSLKKGFVGQLPLLGSPPC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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